在R中实现双序列比对

在 R 中，你可以使用 `pairwiseAlignment()` 函数从 `Biostrings` 包来执行双序列比对。以下是一个示例代码，展示了如何使用这个函数来比对两个 DNA 序列：

library(Biostrings)

# 定义两个 DNA 序列
seq1 <- DNAString("ATCGATCGATCG")
seq2 <- DNAString("ATCGATAGCTCG")

# 执行序列比对
alignment <- pairwiseAlignment(seq1, seq2)

# 打印比对结果
alignment

这将输出以下结果：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] ATCGATCGATCG
subject: [1] ATCGATAGCTCG
score: -1.5
1 ATCGATCGATCG
  |||||.|||.||
1 ATCGATAGCTCG

在这个例子中，`pairwiseAlignment()` 函数返回一个 `PairwiseAlignedFixedSubject` 对象，它包含比对的结果。你可以从 `score` 属性中获取比对的得分，并从输出中查看比对的对齐结果。