RNASEQ 基因的symbol
时间: 2023-09-10 19:04:58 浏览: 49
在RNASEQ中,基因的symbol代表基因的名称。在引用中提到,对于一个基因,有时会有多个isform的数据,而不同老师有不同的处理方式。例如,一个老师会选择最长的CCDS的那个transcript作为基因的代表,而另一个老师则会将所有isform表达量加起来作为基因的表达量。因此,在RNASEQ中,基因的symbol可以根据不同的处理方式而有所不同。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [一个基因对应多个探针 多个探针对应同一个基因到底该如何取舍](https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/127033965)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"]
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TCGA-RNASeq
TCGA-RNASeq是指The Cancer Genome Atlas(TCGA)项目中的RNA测序数据。TCGA是一个由美国国立癌症研究所(NCI)和国立人类基因组研究所(NHGRI)共同发起的大型国际合作项目,旨在通过系统性地分析多种癌症的基因组、转录组、表观组和临床数据,加深对癌症的认识,并为癌症的预防、诊断和治疗提供新的思路和方法。
TCGA-RNASeq是TCGA项目中的一项重要数据资源,它通过高通量测序技术对肿瘤样本中的RNA进行测序,从而获得肿瘤细胞中基因的表达水平信息。这些数据可以帮助研究人员深入了解癌症的发生机制、识别潜在的治疗靶点以及预测患者的生存状况等。
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1. TCGA-RNASeq数据有哪些应用?
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LINXU rnaseq
根据提供的引用内容,我理解你的问题是关于在Linux环境下进行RNA测序分析的。在Linux环境下进行RNA测序分析,可以使用一些工具和命令来完成。首先,你可以使用FastQC对测序原始数据进行质量评估。FastQC是一款基于Java的软件,可以快速多线程地对测序原始数据进行质量评估。你可以在FastQC的官网上下载并安装该软件。然后,你可以使用fastq-dump命令将.sra文件转换为.fastq文件。接下来,你可以使用hisat2、bowtie、tophat2等工具进行比对。其中,hisat2是一种常用的比对工具,速度较快且二类错误较少。你可以使用hisat2命令来进行比对,指定参考基因组索引文件的前缀、输入文件和输出文件。最后,你可以使用一些工具来计算RNA的表达量。具体的计算方法可以根据你的需求选择合适的工具和命令进行分析。希望这些信息对你有帮助。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [Linux做RNA-seq上游分析基本流程](https://blog.csdn.net/weixin_48093827/article/details/114495978)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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