在R语言中,数据集sepsis有ID列,数据集sampledata中的ID_unit列,如何按照sampledata中的ID_unit列的内容删去sepsis中的相应行
时间: 2024-11-20 20:34:05 浏览: 16
在R语言中,如果你想要根据`sampledata`数据集的`ID_unit`列来删除`sepsis`数据集中对应匹配的行,你可以使用`merge()`函数先创建一个连接(join),然后通过`[[-1]]`操作剔除不需要的行。这里是一个基本步骤:
```R
# 首先假设两个数据集的公共列名是"ID"
library(dplyr) # 如果还没加载dplyr包,需要加载
# 创建连接(默认内连接left_join)
joined_data <- merge(sepsis, sampledata, by = "ID", all.x = TRUE)
# 现在,joined_data中只包含sepsis中的所有行及其在sampledata中的匹配项
# 使用逻辑索引来筛选出不匹配sampledata的行(即ID_unit不在sampledata中的行)
to_remove <- joined_data$ID_unit != sampledata$ID_unit
# 最后,删除这些行
sepsis_cleaned <- sepsis[-which(to_remove), ]
```
在这个过程中,`all.x = TRUE`确保了保留sepsis的所有行,而`ID_unit != sampledata$ID_unit`创建了一个逻辑向量,标识哪些行需要被删除。
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import numpy as np import pandas as pd import os import shutil from sklearn.model_selection import train_test_split def copy_files(src, dest): src_files = os.listdir(src) for file_name in src_files: full_file_name = os.path.join(src, file_name) if os.path.isfile(full_file_name): shutil.copy(full_file_name, dest) def find_sepsis_file(data_path_dir): id_nosepsis = [] id_sepsis = [] for psv in os.listdir(data_path_dir): pid = pd.read_csv(os.path.join(data_path_dir, psv), sep='|') if 1 in np.array(pid.SepsisLabel): id_sepsis.append(psv) else: id_nosepsis.append(psv) return (id_nosepsis, id_sepsis) if __name__ == "__main__": data_path_A = "E:/谷歌下载/data/training/" data_path_B = "E:/谷歌下载/data/training_setB/" data_path = "E:/谷歌下载/data/all_dataset/" copy_files(data_path_A, data_path) copy_files(data_path_B, data_path) # divide a total of 40,336 populations into septic/no-septic (2,932/37,404) patients id_nosepsis, id_sepsis = find_sepsis_file(data_path) # development dateset (34,285 patients, 2,492 septic & 31,793 non-septic) # validation dataset (6,051 patients, 440 septic & 5,611 non-septic) train_nosepsis, test_nosepsis = train_test_split(id_nosepsis, test_size=0.15, random_state=12306) train_sepsis, test_sepsis = train_test_split(id_sepsis, test_size=0.15, random_state=12306) test_set = np.append(test_nosepsis, test_sepsis) np.save("E:/谷歌下载/data/train_nosepsis.npy", train_nosepsis) np.save("E:/谷歌下载/data/train_sepsis.npy", train_sepsis) np.save("E:/谷歌下载/data/test_set.npy", test_set)
这段代码的功能是将两个数据路径(`data_path_A`和`data_path_B`)下的所有文件复制到一个目标数据路径(`data_path`)中。然后,根据是否患有败血症(sepsis)将这些文件分为两组(`id_nosepsis`和`id_sepsis`)。
接下来,使用`train_test_split`函数将无败血症和有败血症的患者分别划分为训练集和测试集。其中,无败血症的训练集为`train_nosepsis`,有败血症的训练集为`train_sepsis`。测试集由无败血症和有败血症的测试样本组成,存储在`test_set`中。
最后,使用`np.save()`函数将划分好的训练集和测试集保存为.npy文件。
总结来说,这段代码的目的是将两个数据路径下的文件复制到一个目标数据路径中,并将这些文件根据是否患有败血症进行划分,最后保存划分好的训练集和测试集。
如何在R语言环境中查看sepsis数据集中的Cr列的内容是数值还是等级变量
在R语言中,你可以使用`str()`函数来查看数据集中特定列的数据类型,包括是否为数值(numeric)或等级(factor或character)。对于`sepsis`数据集,如果你想要检查`Cr`列的数据类型,可以按照下面的操作:
```r
# 首先加载sepsis数据集,如果还没有安装,你需要先安装并加载它
install.packages("mimic") # 安装mimic包(如果有)
library(mimic) # 加载mimic包
# 假设sepsis_data是你想查看的sepsis数据集名
sepsis_data <- read.csv("path_to_your_sepsis_dataset.csv") # 替换为实际文件路径
# 使用str()函数查看Cr列的数据类型
str(sepsis_data$Cr)
# 结果会告诉你Cr列是数值(numeric)还是等级(factor)变量
```
如果是等级变量(factor),结果可能会类似于`factor`,并且会有列的唯一值列表,显示它的不同级别。如果`Cr`列被保存为数值,那么结果应该是`double`或`integer`。
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