plink怎样筛除纯合率低于百分之九十的个体

要使用`plink`（一种常用的遗传学数据分析工具）来筛选纯合率低于90%的个体，首先确保你已经安装并熟悉了`plink`的基本用法。这里提供一个基本的命令示例，假设你有一个名为`ped`的PED文件，其中包含基因型信息：

# 使用plink过滤低纯合率样本
plink --bfile your_data_ped_file \
       --maf 0.90 \
       --indep-pairwise 100 10 0.90 \
       --extract low_homozygosity_samples.txt \
       --make-bed --out filtered_data

解释一下这个命令：
1. `--bfile your_data_ped_file`: 指定输入的PED文件路径。
2. `--maf 0.90`: 设置最低的单核苷酸多态性(MAF，Minor Allele Frequency)阈值为0.90，即只保留每个位点纯合率为90%以上的个体。
3. `--indep-pairwise 100 10 0.90`: 运行独立遗传标记分析，排除关联密切（R^2>0.90）且距离小于100kb的标记对，以避免近交相关的偏倚。
4. `--extract low_homozygosity_samples.txt`: 提取满足条件（纯合率低于90%）的个体列表，这个列表通常来自于前面运行`plink`时产生的一个文本文件。
5. `--make-bed --out filtered_data`: 生成新的BED文件，包含筛选后的个体，命名为`filtered_data`。

执行此命令后，你会得到一个新的床文件（`.bed`），其中仅包含纯合率不低于90%的个体。