以下代码主要功能:class Community(): ''' use set operation to optimize calculation ''' def init(self,G,alpha=1.0): self._G = G self._alpha = alpha self._nodes = set() self._k_in = 0 self._k_out = 0 def add_node(self,node): neighbors = set(self._G.neighbors(node)) node_k_in = len(neighbors & self._nodes) node_k_out = len(neighbors) - node_k_in self._nodes.add(node) self._k_in += 2node_k_in self._k_out = self._k_out+node_k_out-node_k_in def remove_node(self,node): neighbors = set(self._G.neighbors(node)) community_nodes = self._nodes node_k_in = len(neighbors & community_nodes) node_k_out = len(neighbors) - node_k_in self._nodes.remove(node) self._k_in -= 2node_k_in self._k_out = self._k_out - node_k_out+node_k_in

时间: 2023-06-26 22:06:38 浏览: 119
这段代码定义了一个名为Community的类,用于社区检测。该类具有以下功能: - 初始化函数init(self,G,alpha=1.0),其中G表示待检测的图,alpha表示社区内部边的权重(默认为1.0)。 - 添加节点函数add_node(self,node),其中node表示要添加的节点。该函数会将节点添加到当前社区中,并计算该节点与社区内节点的边权重,更新社区内部边和外部边的权重。 - 移除节点函数remove_node(self,node),其中node表示要移除的节点。该函数会将节点从当前社区中移除,并更新社区内部边和外部边的权重。 这段代码利用集合操作来优化计算,其中self._nodes表示当前社区内的节点集合,neighbors表示当前节点的邻居节点集合,node_k_in表示当前节点与社区内节点的边权重,node_k_out表示当前节点与社区外节点的边权重,self._k_in表示社区内部边的权重,self._k_out表示社区外部边的权重。
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Focal 损失函数代码如下:def focal_loss(input_values, gamma): """Computes the focal loss""" p = torch.exp(-input_values) loss = (1 - p) ** gamma * input_values return loss.mean() class FocalLoss(nn.Module): def init(self, weight=None, gamma=0.): super(FocalLoss, self).init() assert gamma >= 0 self.gamma = gamma self.weight = weight def forward(self, input, target): return focal_loss(F.cross_entropy(input, target, reduction='none', weight=self.weight), self.gamma) LDAM损失函数代码如下:class LDAMLoss(nn.Module): def init(self, cls_num_list, max_m=0.5, weight=None, s=30): super(LDAMLoss, self).init() m_list = 1.0 / np.sqrt(np.sqrt(cls_num_list)) m_list = m_list * (max_m / np.max(m_list)) m_list = torch.cuda.FloatTensor(m_list) self.m_list = m_list assert s > 0 self.s = s self.weight = weight def forward(self, x, target): index = torch.zeros_like(x, dtype=torch.uint8) index.scatter_(1, target.data.view(-1, 1), 1) index_float = index.type(torch.cuda.FloatTensor) batch_m = torch.matmul(self.m_list[None, :], index_float.transpose(0,1)) batch_m = batch_m.view((-1, 1)) x_m = x - batch_m output = torch.where(index, x_m, x) return F.cross_entropy(self.s*output, target, weight=self.weight) Large Margin aware Focal (LMF) 损失函数是 Focal 损失函数和 LDAM损失函数加权的线性组合,帮我用pytorch代码实现LMF损失函数并在模型中使用

LMF损失函数的代码如下: ``` class LMF_Loss(nn.Module): def __init__(self, cls_num_list, max_m=0.5, weight=None, s=30, gamma=2.0, alpha=0.25): super(LMF_Loss, self).__init__() self.focal_loss = FocalLoss(weight=weight, gamma=gamma) self.ldam_loss = LDAMLoss(cls_num_list=cls_num_list, max_m=max_m, weight=weight, s=s) self.alpha = alpha def forward(self, x, target): focal_loss = self.focal_loss(x, target) ldam_loss = self.ldam_loss(x, target) output = self.alpha * ldam_loss + (1 - self.alpha) * focal_loss return output ``` 在模型中使用时,可以将LMF_Loss作为损失函数进行指定。 例如,如果你的模型是一个分类模型,可以这样定义: ``` model = MyModel() criterion = LMF_Loss(cls_num_list=[class0_num, class1_num, class2_num], max_m=0.5, weight=class_weights, s=30, gamma=2.0, alpha=0.25) optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01) for epoch in range(num_epochs): # Forward pass outputs = model(inputs) loss = criterion(outputs, labels) # Backward and optimize optimizer.zero_grad() loss.backward() optimizer.step() ``` 其中,`cls_num_list`是一个列表,包含每个类别的样本数量,`max_m`是LDAM损失函数中的超参数,`weight`是样本权重,`s`是LDAM损失函数中的超参数,`gamma`是Focal损失函数中的超参数,`alpha`是LMF损失函数中的超参数,控制两个损失函数的加权。

def __init__(self, template_path): super(Model, self).__init__() # set template mesh self.template_mesh = jr.Mesh.from_obj(template_path, dr_type='n3mr') self.vertices = (self.template_mesh.vertices * 0.5).stop_grad() self.faces = self.template_mesh.faces.stop_grad() self.textures = self.template_mesh.textures.stop_grad() # optimize for displacement map and center self.displace = jt.zeros(self.template_mesh.vertices.shape) self.center = jt.zeros((1, 1, 3)) # define Laplacian and flatten geometry constraints self.laplacian_loss = LaplacianLoss(self.vertices[0], self.faces[0]) self.flatten_loss = FlattenLoss(self.faces[0])在每行代码后添加注释

``` def __init__(self, template_path): super(Model, self).__init__() # 初始化父类 # 加载模板网格 self.template_mesh = jr.Mesh.from_obj(template_path, dr_type='n3mr') # 缩放网格顶点坐标,并设置为不可求导 self.vertices = (self.template_mesh.vertices * 0.5).stop_grad() # 设置网格面和纹理,并设置为不可求导 self.faces = self.template_mesh.faces.stop_grad() self.textures = self.template_mesh.textures.stop_grad() # 初始化位移和中心 self.displace = jt.zeros(self.template_mesh.vertices.shape) # 位移 self.center = jt.zeros((1, 1, 3)) # 中心点 # 定义 Laplacian 和 flatten 约束损失 self.laplacian_loss = LaplacianLoss(self.vertices[0], self.faces[0]) # Laplacian 约束损失 self.flatten_loss = FlattenLoss(self.faces[0]) # flatten 约束损失 ``` 注释解释如下: - `super(Model, self).__init__()`:调用父类的构造函数进行初始化。 - `self.template_mesh = jr.Mesh.from_obj(template_path, dr_type='n3mr')`:从 OBJ 文件中加载模板网格。 - `self.vertices = (self.template_mesh.vertices * 0.5).stop_grad()`:将模板网格的顶点坐标缩放为原来的一半,并将其设置为不可求导。 - `self.faces = self.template_mesh.faces.stop_grad()`:将模板网格的面索引设置为不可求导。 - `self.textures = self.template_mesh.textures.stop_grad()`:将模板网格的纹理设置为不可求导。 - `self.displace = jt.zeros(self.template_mesh.vertices.shape)`:初始化位移变量,并将其设置为可求导的 0 张量。 - `self.center = jt.zeros((1, 1, 3))`:初始化中心点,并将其设置为可求导的 0 张量。 - `self.laplacian_loss = LaplacianLoss(self.vertices[0], self.faces[0])`:初始化 Laplacian 约束损失。 - `self.flatten_loss = FlattenLoss(self.faces[0])`:初始化 flatten 约束损失。
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解释这段代码import jittor as jt from jittor import nn jt.flags.use_cuda = 1 import os import tqdm import numpy as np import imageio import argparse import jrender as jr from jrender import neg_iou_loss, LaplacianLoss, FlattenLoss current_dir = os.path.dirname(os.path.realpath(file)) data_dir = os.path.join(current_dir, 'data') class Model(nn.Module): def init(self, template_path): super(Model, self).init() # set template mesh self.template_mesh = jr.Mesh.from_obj(template_path, dr_type='n3mr') self.vertices = (self.template_mesh.vertices * 0.5).stop_grad() self.faces = self.template_mesh.faces.stop_grad() self.textures = self.template_mesh.textures.stop_grad() # optimize for displacement map and center self.displace = jt.zeros(self.template_mesh.vertices.shape) self.center = jt.zeros((1, 1, 3)) # define Laplacian and flatten geometry constraints self.laplacian_loss = LaplacianLoss(self.vertices[0], self.faces[0]) self.flatten_loss = FlattenLoss(self.faces[0]) def execute(self, batch_size): base = jt.log(self.vertices.abs() / (1 - self.vertices.abs())) centroid = jt.tanh(self.center) vertices = (base + self.displace).sigmoid() * nn.sign(self.vertices) vertices = nn.relu(vertices) * (1 - centroid) - nn.relu(-vertices) * (centroid + 1) vertices = vertices + centroid # apply Laplacian and flatten geometry constraints laplacian_loss = self.laplacian_loss(vertices).mean() flatten_loss = self.flatten_loss(vertices).mean() return jr.Mesh(vertices.repeat(batch_size, 1, 1), self.faces.repeat(batch_size, 1, 1), dr_type='n3mr'), laplacian_loss, flatten_loss

翻译这段代码class GPR: def __init__(self, optimize=True): self.is_fit = False self.train_X, self.train_y = None, None self.params = {"l": 2, "sigma_f": 1} self.optimize = optimize def fit(self, X, y): # store train data self.train_X = np.asarray(X) self.train_y = np.asarray(y) # hyper parameters optimization def negative_log_likelihood_loss(params): self.params["l"], self.params["sigma_f"] = params[0], params[1] Kyy = self.kernel(self.train_X, self.train_X) + 1e-8 * np.eye(len(self.train_X)) loss = 0.5 * self.train_y.T.dot(np.linalg.inv(Kyy)).dot(self.train_y) + 0.5 * np.linalg.slogdet(Kyy)[ 1] + 0.5 * len(self.train_X) * np.log(2 * np.pi) return loss.ravel() if self.optimize: res = minimize(negative_log_likelihood_loss, [self.params["l"], self.params["sigma_f"]],bounds=((1e-4, 1e4), (1e-4, 1e4)),method='L-BFGS-B') self.params["l"], self.params["sigma_f"] = res.x[0], res.x[1] self.is_fit = True def predict(self, X): if not self.is_fit: print("GPR Model not fit yet.") return X = np.asarray(X) Kff = self.kernel(self.train_X, self.train_X) # (N, N) Kyy = self.kernel(X, X) # (k, k) Kfy = self.kernel(self.train_X, X) # (N, k) Kff_inv = np.linalg.inv(Kff + 0.5e-3 * np.eye(len(self.train_X))) # (N, N) mu = Kfy.T.dot(Kff_inv).dot(self.train_y) cov = Kyy - Kfy.T.dot(Kff_inv).dot(Kfy) return mu, cov def kernel(self, x1, x2): dist_matrix = np.sum(x1 ** 2, 1).reshape(-1, 1) + np.sum(x2 ** 2, 1) - 2 * np.dot(x1, x2.T) return self.params["sigma_f"] ** 2 * np.exp(-0.5 / self.params["l"] ** 2 * dist_matrix)

帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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