报错Error in user input: Invalid command-line options In command-line option -rainbow Invalid value: yellow In command-line option -rainbow Invalid value: -1 In command-line option -rainbow Invalid value: 2 For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them.

很抱歉，我的之前的回答有误。正确的命令应该是：

gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps -rainbow blue yellow -nxy -1 2 -title none -di 1.m2p

其中，-nxy参数用来设置只显示XPM文件中的特定数值，-1和2分别对应alpha-helix和beta-sheet；-rainbow参数用来设置颜色映射，blue表示alpha-helix的颜色，yellow表示beta-sheet的颜色。其他参数保持不变。

再次抱歉之前的回答有误，希望这次能够帮到您。

相关问题

上述操作会报错：Error in input file: not well-formed (invalid token): line 1, column 1

这个错误通常表示输入的 Python 文件不是一个有效的 Python 脚本，因此 `pyuic5` 无法解析它。请确保你提供的文件是一个正确的 Python 脚本，并且没有语法错误。

另外，请注意，`pyuic5` 工具只能将 Qt Designer 的 `.ui` 文件转换为 Python 代码，而不能将 Python 代码转换为 `.ui` 文件。如果你需要使用已有的 Python 代码生成 `.ui` 文件，你可以手动创建一个新的 `.ui` 文件，并使用 Qt Designer 将控件逐个添加到其中。

如果你想将现有的 Python 代码转换为 `.ui` 文件，你可以使用 Qt Designer 手动创建一个相似的界面，并将控件属性设置为与原始 Python 代码相匹配。这可能需要一些手动工作，但是这是目前可行的方法。

为什么jupyter报错这个SyntaxError: invalid non-printable character U+00A0

这个错误通常是由于文本中包含了不可打印字符（如特殊的空格）导致的。可以尝试使用文本编辑器将代码复制粘贴到一个新的文件中，然后将其保存为UTF-8编码格式。或者，你可以尝试在代码中使用正则表达式来删除不可打印字符，例如：

import re

with open("your_file.py", "r", encoding="utf-8") as f:
    contents = f.read()

# 使用正则表达式删除不可打印字符
contents = re.sub(r'[^\x00-\x7F]+', '', contents)

# 将处理后的代码保存到新文件
with open("new_file.py", "w", encoding="utf-8") as f:
    f.write(contents)

这样做可能会解决你的问题。