使用python,读取txt文件中的由字符串组成的数组,读取一个计算各个碱基占总体的百分比,并存到mysql的数据库中,这样以来会有四个数据然后和再读入所求得的四四个数据一一对应,进行最小二乘法,然后根据不断读入的数据,不断的进行最小二乘法,最后给出四条对应的直线公式
时间: 2024-05-12 15:20:40 浏览: 103
以下是一个可能的Python实现:
```python
import mysql.connector
import numpy as np
# 读取txt文件中的数组
with open('data.txt', 'r') as f:
data = f.read().splitlines()
# 计算每个碱基占总体的百分比
total_bases = sum([len(seq) for seq in data])
percentages = []
for seq in data:
bases = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'T': 0}
for base in seq:
bases[base] += 1
percentages.append([bases['A']/len(seq), bases['C']/len(seq), bases['G']/len(seq), bases['T']/len(seq)])
# 连接MySQL数据库
mydb = mysql.connector.connect(
host="localhost",
user="username",
password="password",
database="mydatabase"
)
# 插入百分比数据
mycursor = mydb.cursor()
for i, p in enumerate(percentages):
sql = "INSERT INTO percentages (id, A, C, G, T) VALUES (%s, %s, %s, %s, %s)"
val = (i+1, p[0], p[1], p[2], p[3])
mycursor.execute(sql, val)
mydb.commit()
# 读取已有的四个数据
mycursor.execute("SELECT A, C, G, T FROM percentages")
result = mycursor.fetchall()
data = np.array(result)
# 用最小二乘法拟合直线
for i in range(4):
x = np.array(range(len(data)))
y = data[:, i]
A = np.vstack([x, np.ones(len(x))]).T
m, c = np.linalg.lstsq(A, y, rcond=None)[0]
print("y = {}x + {}".format(m, c))
```
这个程序假设MySQL数据库中已经有一个名为“percentages”的表,其中包含id、A、C、G和T这五个列。程序首先读取txt文件中的数据,并计算每个碱基占总体的百分比,然后将这些百分比数据插入到MySQL数据库中。接着程序读取已有的四个数据,并针对每个碱基使用最小二乘法拟合一条直线,最后输出这四条直线的公式。
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