使用mafft做多序列比对是丢失了一条序列

在使用mafft进行多序列比对时，如果出现丢失序列的情况，可能是以下几个原因导致的：

1. 输入文件中确实缺少该序列。在使用mafft进行多序列比对之前，需要保证输入文件中所有序列都是完整的。

2. 输入文件格式不正确。输入文件的格式需要符合mafft的要求，比如fasta格式，否则可能会导致序列丢失。

3. 在使用mafft命令时，输入了不正确的参数。比如，如果使用了--exclude或--anysymbol等参数，可能会导致序列丢失。

如果您确定输入文件中包含了该序列，可以尝试使用其他多序列比对软件，比如ClustalW或T-Coffee等，以查看是否能够找回该序列。同时，建议您仔细检查输入文件和命令参数，确保没有出现错误。