请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像。数据集的3D标签变成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。 LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。
时间: 2024-02-05 11:10:55 浏览: 110
好的,我可以帮您完成这个任务。首先,需要安装以下Python库:numpy、nibabel、Pillow。
请在命令行中依次输入以下命令来安装这些库:
```
pip install numpy
pip install nibabel
pip install Pillow
```
安装完成后,可以使用以下代码来将3D图像和标签转换为2D图像和标签并保存到指定文件夹:
```python
import os
import numpy as np
import nibabel as nib
from PIL import Image
# 定义标签的颜色映射
color_map = {
0: (0, 0, 0), # 背景
1: (255, 255, 255), # 肝脏
2: (255, 0, 0) # 肝脏肿瘤
}
# 定义读取和保存的路径
data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017'
save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017'
# 创建保存文件夹
if not os.path.exists(save_path):
os.makedirs(save_path)
# 遍历数据集
for i in range(1, 3):
data_dir = os.path.join(data_path, f'Training Batch {i}')
save_dir = os.path.join(save_path, f'Training Batch {i}')
if not os.path.exists(save_dir):
os.makedirs(save_dir)
# 处理图像
for file in os.listdir(data_dir):
if file.endswith('.nii'):
img_path = os.path.join(data_dir, file)
img_nii = nib.load(img_path)
img = np.array(img_nii.get_data())
img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为(C, H, W)格式
img = img.astype(np.float32) / img.max() * 255 # 归一化到0~255
img = img.astype(np.uint8)
# 保存2D图像
for j in range(img.shape[0]):
img_slice = Image.fromarray(img[j])
img_slice.save(os.path.join(save_dir, f'{file[:-4]}_{j+1}.png'))
# 处理标签
for file in os.listdir(os.path.join(data_path, f'Training Batch {i}')):
if file.endswith('.nii'):
label_path = os.path.join(data_dir, file)
label_nii = nib.load(label_path)
label = np.array(label_nii.get_data())
label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为(C, H, W)格式
label = label.astype(np.uint8)
# 保存2D标签
for j in range(label.shape[0]):
label_slice = np.zeros((label.shape[1], label.shape[2], 3), dtype=np.uint8)
for k in range(3):
label_slice[:, :, k] = np.where(label[j] == k, color_map[k], label_slice[:, :, k])
label_slice = Image.fromarray(label_slice)
label_slice.save(os.path.join(save_dir, f'{file[:-4]}_{j+1}_label.png'))
```
上述代码将数据集中的所有.nii文件转换为2D图像和标签,并保存到指定文件夹中。其中,图像保存为灰度图,标签保存为RGB三通道格式,灰度值对应指定的颜色。请确保路径设置正确,并运行时需要等待一段时间才能完成转换。
阅读全文