python实现agnes算法计算轮廓系数

时间: 2023-08-16 22:10:32 浏览: 39
好的,下面是Python实现AGNES算法计算轮廓系数的代码: ```python import numpy as np from sklearn.metrics import silhouette_score # 距离矩阵 def distance_matrix(X): n = X.shape[0] dist_matrix = np.zeros((n, n)) for i in range(n): for j in range(i+1, n): dist_matrix[i][j] = dist_matrix[j][i] = np.linalg.norm(X[i]-X[j]) return dist_matrix # AGNES聚类 def AGNES(X, k): n = X.shape[0] # 初始化每个点为一类 clusters = [[i] for i in range(n)] # 计算距离矩阵 dist_matrix = distance_matrix(X) # 合并聚类 while len(clusters) > k: min_dist = np.inf merge_i, merge_j = -1, -1 for i in range(len(clusters)): for j in range(i+1, len(clusters)): dist = 0 for m in clusters[i]: for n in clusters[j]: dist += dist_matrix[m][n] dist /= len(clusters[i]) * len(clusters[j]) if dist < min_dist: min_dist = dist merge_i, merge_j = i, j clusters[merge_i].extend(clusters[merge_j]) del clusters[merge_j] return clusters # 计算轮廓系数 def silhouette_coefficient(X, clusters): labels = np.zeros(X.shape[0]) k = len(clusters) for i in range(k): for j in clusters[i]: labels[j] = i return silhouette_score(X, labels) # 测试 if __name__ == '__main__': X = np.array([[2, 10], [2, 5], [8, 4], [5, 8], [7, 5], [6, 4], [1, 2], [4, 9]]) k = 3 clusters = AGNES(X, k) sc = silhouette_coefficient(X, clusters) print('聚%d类的轮廓系数为:%f' % (k, sc)) ``` 这段代码中,`distance_matrix`函数用于计算距离矩阵,`AGNES`函数实现了AGNES聚类算法,`silhouette_coefficient`函数用于计算轮廓系数。在测试部分,我们可以设定聚类数`k`为3,然后计算轮廓系数。

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