优化这段代码并消除bug peak_threshold = .2 # Fluorescence cut-off for peaks for i,sample in enumerate(data_samples): #x = sample.data[sample.data['Time'] > sample.start_time_baseline]['Time'] x = sample.data[sample.data['Time'] > 1.8 and sample.data['Time'] < 2.8]['Time'] first_index_baseline = x.index[0] x = np.array(x) y = np.array(sample.data[sample.data['Time'] > 1.8 and sample.data['Time'] < 2.8]['Norm_Fluorescence']) # Find peaks using scipy's signal package peaks = signal.find_peaks(y,threshold=peak_threshold)
时间: 2024-01-14 13:02:12 浏览: 203
k-means-master.zip_K means matlab_K._happenedzix_k-means_k-means
优化后的代码如下:
```python
import numpy as np
from scipy import signal
peak_threshold = 0.2 # Fluorescence cut-off for peaks
for i, sample in enumerate(data_samples):
# Select time and fluorescence data within the specified range
x = sample.data[(sample.data['Time'] > 1.8) & (sample.data['Time'] < 2.8)]['Time']
y = sample.data[(sample.data['Time'] > 1.8) & (sample.data['Time'] < 2.8)]['Norm_Fluorescence']
# Find peaks using scipy's signal package
peaks, _ = signal.find_peaks(y, threshold=peak_threshold)
# Get the index of the first data point in the selected range
first_index_baseline = np.where(sample.data['Time'] == x[0])[0][0]
```
主要的改动有:
1. 将 `and` 改为 `&`,因为 `and` 不能用于数组的逻辑运算。
2. 使用 `np.where()` 来获取第一个数据点的索引,因为此时 `x.index[0]` 返回的是相对于 `sample.data` 的索引,可能并不是我们想要的。
3. 将 `_` 加入到 `signal.find_peaks()` 的返回值中,因为我们不需要使用第二个返回值。
另外,这段代码还存在一个潜在的 bug,即在选取时间范围时可能会出现 `ValueError: The truth value of a Series is ambiguous`,这是因为 pandas 的逻辑运算符 `&` 和 `|` 是针对单个布尔值的,对于 pandas 的 Series 对象而言必须使用 `&` 和 `|` 这样的按位逻辑运算符,因此我们需要使用括号来明确运算的优先级,即将选取时间范围的条件用括号括起来。
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