results <- apply(data, 1, function(x) { + test <- wilcox.test(x ~ Type) + pvalue <- test$p.value + Sig <- ifelse(pvalue < 0.001, "***", ifelse(pvalue < 0.01, "**", ifelse(pvalue < 0.05, "*", ""))) + if(pvalue < 0.05) { + paste0(row.names(data)[which(x)], Sig) + } else { + "" + } + }) Error in which(x) : argument to 'which' is not logical Called from: which(x) Browse[1]>

这个错误的原因是which()函数需要一个逻辑向量作为输入，但在这里，我们传递给which()函数的是数值向量x。

为了解决这个问题，我们需要使用另一个函数来获取当前行的行号。在apply函数中，我们可以使用第三个参数MARGIN来指定应用函数的方向。当MARGIN为1时，apply函数将对每一行应用函数，此时我们可以使用seq_along()函数来获取当前行的行号。修改后的代码如下：

results <- apply(data, 1, function(x) {
  test <- wilcox.test(x ~ Type)
  pvalue <- test$p.value
  Sig <- ifelse(pvalue < 0.001, "***", ifelse(pvalue < 0.01, "**", ifelse(pvalue < 0.05, "*", "")))
  if(pvalue < 0.05) {
    paste0(row.names(data)[seq_along(x)], Sig)
  } else {
    ""
  }
})

sigVec <- results[results != ""]
sigGeneVec <- row.names(data)[which(results != "")]

这样，我们可以使用seq_along()函数获取当前行的行号，并将其与行名连接起来。