用lammps采用creat_atoms、read_data两种方法,创建一个简单的立方晶格结构。
时间: 2024-09-16 10:02:10 浏览: 80
在LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)中,创建一个简单的立方晶体结构通常涉及两个步骤:首先使用`create_atoms`命令生成原子,并设置它们的基础晶格属性;然后使用`read_data`加载预定义的结构数据文件。
1. **创建原子** (使用`create_atoms`):
使用`create_atoms`可以从原子类型开始,指定单位胞的大小(例如边长`lattice`),以及原子的数量和位置。假设我们有一个简单立方晶格,可以这样操作:
```bash
# 设置单元格尺寸
lattice 0.5 0.5 0.5
# 创建原子类型,比如类型1
atom_style atomic
create_box 0.0 0.0 0.0 # 从原点开始
create_atoms 1 type 1 # 创建一个原子类型1的原子,数量由其他设置决定
# 如果需要随机分布原子,可以用random placement
set seed <random seed>
fix 1 all create_random 1 box 1 atom 1 sort id
```
这将创建一个边长为0.5的立方体,并在其中随机放置原子。
2. **读取数据** (使用`read_data`):
对于立方晶体结构,通常会有一份预先定义好的结构文件,如`.box`或`.data`文件,里面包含原子的位置信息和可能的额外信息。例如,使用`.box`文件:
```bash
# 假设有一个名为'lattice.box'的文件,定义了原子坐标
read_data lattice.box
```
这个文件应该有类似这样的内容:
```
# lattice box file format
# nAtoms units lattice constant
3 atoms cubic 0.5
1.0 0.0 0.0
0.0 1.0 0.0
0.0 0.0 1.0
```
这表示有3个原子在一个边长为0.5的立方晶格上,每个原子占据一个顶点。
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