counts还是fpkm

在转录组学研究中，counts和FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）是常用的两种衡量基因表达水平的指标。

Counts是指在RNA测序数据中，每个基因的对应reads数量。以这种方式统计基因表达水平可以直接计数每个基因的读取数，无需对数据进行归一化处理。Counts数值越高表示基因表达量越高。

FPKM则是对counts进行标准化，通过将reads数量除以基因的长度以及测序深度得到一个标准化的指标。FPKM可以消除不同基因的长度差异及样本之间的测序深度差异，从而使得结果更具可比性。

两者都是衡量基因表达水平的重要指标，但在不同研究中会有不同的应用方向。Counts比较适用于简单的差异表达分析，其结果容易理解并可以直接用于基因表达的定量比较。而FPKM则更适合用于定量分析和比较不同基因、样本之间的表达差异。当需要考虑到测序深度及基因长度引起的偏差时，使用FPKM可以得到更准确的结果。

综上所述，Counts主要适用于初步分析及简单差异表达分析，而FPKM则更适合比较不同基因、样本之间的表达差异，并考虑到测序深度及基因长度的影响。根据实际需求选择合适的指标可以更好地解释基因表达数据。