FeatureCounts如何输出RPM FPKM TPM

FeatureCounts是一个用于计算基因或转录本表达量的工具，它可以通过设置参数来输出RPM、FPKM或TPM。具体实现如下：

1. RPM（Reads Per Million）：将每个基因或转录本的计数数除以总读数，再乘以一百万。

命令行参数：-T <total_reads>，其中<total_reads>是总的reads数。

例如：featureCounts -T 1000000 -a annotation.gtf -o counts.txt input.bam

2. FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）：将每个基因或转录本的计数数除以该基因或转录本的长度（单位为kb），再除以总读数，最后乘以一百万。

命令行参数：-T <total_reads> -p -O -M，其中<total_reads>是总的reads数。

例如：featureCounts -T 1000000 -p -O -M -a annotation.gtf -o counts.txt input.bam

3. TPM（Transcripts Per Million）：将每个基因或转录本的计数数除以该基因或转录本的长度（单位为kb），再除以基因或转录本的总表达量，最后乘以一百万。

命令行参数：-T <total_reads> -p -O -M -s 2，其中<total_reads>是总的reads数，-s 2表示使用基因长度而不是基因的区间长度。

例如：featureCounts -T 1000000 -p -O -M -s 2 -a annotation.gtf -o counts.txt input.bam

以上是FeatureCounts输出RPM、FPKM和TPM的基本方法，需要根据实际情况灵活运用。