FPKM,RPKM,TPM和RSEM
时间: 2024-05-20 15:14:47 浏览: 39
这是一组与基因表达相关的计算方法和软件:
- FPKM (Fragments Per Kilobase Million):一种常用的RNA-Seq数据分析方法,用于估算基因表达量,通过将RNA测序数据的reads数标准化到每个基因的长度和总测序量之间,以便比较不同样本之间的基因表达差异。
- RPKM (Reads Per Kilobase Million):类似于FPKM,但是采用的是reads数而不是fragments数进行标准化。
- TPM (Transcripts Per Million):一种更精确的RNA-Seq数据分析方法,考虑了不同基因之间的转录本长度和转录水平的差异,以及同一基因不同转录本之间的表达量差异,以便更准确地估算基因表达量。
- RSEM (RNA-Seq by Expectation Maximization):一种常用的RNA-Seq数据分析软件,通过最大期望算法估算基因表达量,同时考虑了isoform的存在和表达量。相比于FPKM和RPKM,RSEM能够更准确地估算基因和isoform的表达量。
相关问题
KM分析使用fpkm还是TPM
KM(Kaplan-Meier)分析通常用于生存分析,其目的是评估不同生存期患者之间的生存差异,并通过绘制KM曲线来展示生存数据。FPKM和TPM都是常用的表达量计算方法,但在KM分析中,应该使用FPKM而不是TPM。
因为FPKM是根据基因长度和样本总reads数进行归一化的,可以更好地反映基因表达量。而TPM是将reads数量除以基因长度,再除以所有基因的总reads数量,再乘以一百万,虽然也能够反映基因表达量,但是在生存分析中,应该使用FPKM作为表达量计算方法,以便更好地反映基因表达量对生存的影响。
fpkm怎么转为tpm
将FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)转换为TPM(Transcripts Per Million)需要以下步骤:
1. 计算每个基因的总读数:将所有样本中该基因的FPKM值相加,得到基因的总FPKM。
2. 计算每个样本的总读数:将该样本中所有基因的FPKM值相加,得到样本的总FPKM。
3. 计算每个基因的比例:将基因的总FPKM除以样本的总FPKM,得到基因占总FPKM的比例。
4. 将比例乘以一个大数(例如1,000,000),得到基因的TPM值。这个大数是为了将TPM值调整到更合适的范围。
注意:FPKM和TPM都是用来表示基因表达量的方法,但它们的计算方式不同。TPM考虑了基因长度和样本读数的影响,更加准确地反映了基因表达量。转换FPKM为TPM可以使得不同样本之间的比较更加可靠。
希望对你有所帮助!如果你有其他问题,请随时提问。
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