fpkm怎么转为tpm
时间: 2023-08-27 21:06:04 浏览: 255
TCGA-BLCA-mRNA表达数据(TPM)-膀胱癌表达及临床数据集整理
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将FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)转换为TPM(Transcripts Per Million)需要以下步骤:
1. 计算每个基因的总读数:将所有样本中该基因的FPKM值相加,得到基因的总FPKM。
2. 计算每个样本的总读数:将该样本中所有基因的FPKM值相加,得到样本的总FPKM。
3. 计算每个基因的比例:将基因的总FPKM除以样本的总FPKM,得到基因占总FPKM的比例。
4. 将比例乘以一个大数(例如1,000,000),得到基因的TPM值。这个大数是为了将TPM值调整到更合适的范围。
注意:FPKM和TPM都是用来表示基因表达量的方法,但它们的计算方式不同。TPM考虑了基因长度和样本读数的影响,更加准确地反映了基因表达量。转换FPKM为TPM可以使得不同样本之间的比较更加可靠。
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