KM分析使用fpkm还是TPM

KM（Kaplan-Meier）分析通常用于生存分析，其目的是评估不同生存期患者之间的生存差异，并通过绘制KM曲线来展示生存数据。FPKM和TPM都是常用的表达量计算方法，但在KM分析中，应该使用FPKM而不是TPM。

因为FPKM是根据基因长度和样本总reads数进行归一化的，可以更好地反映基因表达量。而TPM是将reads数量除以基因长度，再除以所有基因的总reads数量，再乘以一百万，虽然也能够反映基因表达量，但是在生存分析中，应该使用FPKM作为表达量计算方法，以便更好地反映基因表达量对生存的影响。

相关问题

基因聚类分析的时使用fpkm还是TPM

基因聚类分析时，建议使用TPM（Transcripts Per Million）作为基因表达量的计算方法。因为TPM能够考虑到基因长度和测序深度的影响，可以更加准确地反映基因表达量。而FPKM（Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped）则只考虑了基因长度的影响，没有考虑到测序深度的差异，因此不够准确。

fpkm怎么转为tpm

将FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）转换为TPM（Transcripts Per Million）需要以下步骤：

1. 计算每个基因的总读数：将所有样本中该基因的FPKM值相加，得到基因的总FPKM。

2. 计算每个样本的总读数：将该样本中所有基因的FPKM值相加，得到样本的总FPKM。

3. 计算每个基因的比例：将基因的总FPKM除以样本的总FPKM，得到基因占总FPKM的比例。

4. 将比例乘以一个大数（例如1,000,000），得到基因的TPM值。这个大数是为了将TPM值调整到更合适的范围。

注意：FPKM和TPM都是用来表示基因表达量的方法，但它们的计算方式不同。TPM考虑了基因长度和样本读数的影响，更加准确地反映了基因表达量。转换FPKM为TPM可以使得不同样本之间的比较更加可靠。

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