import os def record_sample_indexes(test_folder, test_file_extension, original_test_file, index_folder): # 读取原测试集文件的内容 with open(original_test_file, 'r') as f: original_test_lines = f.readlines() # 遍历测试文件夹中的每个测试文件 for filename in os.listdir(test_folder): if filename.endswith(test_file_extension): test_file = os.path.join(test_folder, filename) index_file = os.path.join(index_folder, f"index{os.path.splitext(filename)[0]}.txt") # 读取当前测试文件的内容 with open(test_file, 'r') as f: test_lines = f.readlines() # 获取当前测试文件中每个样本在原测试集中的位置,并记录到索引文件中 with open(index_file, 'w') as f_index: for line in test_lines: line_parts = line.strip().split('\t') sample_id = int(line_parts[-1]) index = original_test_lines.index(f"{sample_id}\n") + 1 f_index.write(f"{index}\n") # 指定测试文件夹路径、测试文件扩展名、原测试集文件路径和索引文件夹路径 test_folder = 'exp1_test' test_file_extension = '.new' original_test_file = 'task1.test.new' index_folder = 'exp1_test_index' # 调用函数进行记录每个样本在原测试集中的位置 record_sample_indexes(test_folder, test_file_extension, original_test_file, index_folder)

时间: 2023-07-15 18:14:07 浏览: 79
这段代码是一个 Python 函数,用于记录测试集中每个样本在原测试集中的位置,并将其写入索引文件中。具体实现为: 1. 首先读取原测试集文件的内容,保存在 `original_test_lines` 列表中。 2. 然后遍历测试文件夹中的每个测试文件,如果文件名以指定的测试文件扩展名结尾,则处理该文件。 3. 对于每个测试文件,读取其内容到 `test_lines` 列表中。 4. 遍历测试文件中的每一行,将其分割成若干部分,其中最后一部分是样本 ID。 5. 在原测试集中找到对应样本 ID 的行,并记录该行的位置(即行号)。 6. 将该位置写入索引文件中。 7. 最终得到的索引文件名为 `index{文件名}.txt`,文件内容是每个样本在原测试集中的位置。 代码中的参数有: - `test_folder`: 测试文件夹路径 - `test_file_extension`: 测试文件扩展名 - `original_test_file`: 原测试集文件路径 - `index_folder`: 索引文件夹路径 调用该函数即可实现记录每个样本在原测试集中的位置。
相关问题

class ConstrainedList (list): """Constrains the list class so it offers only the following primitive array API: - `lst[i]` for getting and setting a value at an *existing, positive* index `i` - `len(lst)` to obtain the number of slots - `lst.append(None)` to grow the list by *one slot at a time* - `del lst[len(lst)-1]` to delete the last slot in a list All other operations will result in an exception being raised. """ def __init__(self, *args): super().__init__(*args) def append(self, value): if value is not None: raise ValueError('Can only append None to constrained list!') super().append(value) def __getitem__(self, idx): if idx < 0 or idx >= len(self): raise ValueError('Can only use positive, valid indexes on constrained lists!') return super().__getitem__(idx) def __setitem__(self, idx, value): if idx < 0 or idx >= len(self): raise ValueError('Can only use positive, valid indexes on constrained lists!') super().__setitem__(idx, value) def __delitem__(self, idx): if idx != len(self)-1: raise ValueError('Can only delete last item in constrained list!') super().__delitem__(idx) def __getattribute__(self, name): if name in ('insert', 'pop', 'remove', 'min', 'max', 'index', 'count', 'clear', 'copy', 'extend'): raise AttributeError('Method "' + name + '" not supported on constrained list!') else: return super().__getattribute__(name) # __getattribute__ isn't called for special methods, so the following are needed def __add__(self, value): raise AttributeError('Constrained lists do not support `+`!') def __contains__(self, value): raise AttributeError('Constrained lists do not support `in`!') def __eq__(self, value): raise AttributeError('Constrained lists do not support `==`!') def __iter__(self): raise AttributeError('Constrained lists do not support iteration!') def __str__(self): raise AttributeError('Constrained lists do not support stringification!') def __repr__(self): raise AttributeError('Constrained lists do not support stringification!') # for testing only! (don't use this in your ArrayList implementation) def _as_list(self): return list(super().__iter__())

这是一个对 Python 内置的 list 类进行约束的自定义类 ConstrainedList。它只支持以下简单数组 API: - 通过 *已存在的正索引* `i` 获取和设置列表中的值:`lst[i]` - 通过 `len(lst)` 获取槽的数量 - 通过每次增加一个槽来增加列表:`lst.append(None)` - 通过删除列表中的最后一个槽来减少列表:`del lst[len(lst)-1]` 所有其他操作将导致引发异常。在 ConstrainedList 中实现了对这些 API 的限制,通过重写内置方法(如 `__getitem__`、`__setitem__`、`__delitem__` 和 `__getattribute__`)实现了限制。

def __getitem__(self, index): if self.args.cached: (label, _, image) = self.data[index] else: (label, _file) = self.file_indexes[index] image = self._load_rml(_file) n_label = self.classes.index(label) return torch.tensor(image).float(), torch.tensor(n_label).long()把这段代码基于pytorch改为基于mindspore

以下是基于MindSpore的代码实现: ``` import mindspore.dataset as ds import mindspore.dataset.transforms.py_transforms as py_transforms import mindspore.common.dtype as mstype import numpy as np class MyDataset: def __init__(self, args): self.args = args self.classes = sorted(list(set([item[0] for item in self.args.data]))) self.data = self.args.data self.file_indexes = [(item[0], idx) for idx, item in enumerate(self.args.data)] def _load_rml(self, file): # 加载数据的代码 pass def __getitem__(self, index): if self.args.cached: (label, _, image) = self.data[index] else: (label, file_idx) = self.file_indexes[index] image = self._load_rml(self.args.data[file_idx][1]) n_label = self.classes.index(label) return np.array(image).astype(np.float32), np.array(n_label).astype(np.int32) def __len__(self): return len(self.file_indexes) # 数据增强 transform = py_transforms.Compose([ py_transforms.Resize((224, 224)), py_transforms.RandomHorizontalFlip(), py_transforms.Normalize(mean=[0.485, 0.456, 0.406], std=[0.229, 0.224, 0.225]) ]) # 数据集加载 ds.config.set_seed(1) ds_train = ds.GeneratorDataset(MyDataset(args), ["image", "label"]) ds_train = ds_train.shuffle(buffer_size=1000) ds_train = ds_train.batch(batch_size=args.batch_size, drop_remainder=True) ds_train = ds_train.map(operations=transform, input_columns="image", num_parallel_workers=4) ds_train = ds_train.map(operations=lambda x, y: (mindspore.Tensor(x, mstype.float32), mindspore.Tensor(y, mstype.int32))) ``` 注意:MindSpore的数据增强需要使用`transforms`模块中的函数,而数据集加载则需要使用`GeneratorDataset`类。在MindSpore中,需要使用`mindspore.Tensor`将数据转换为张量类型。
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class AbstractGreedyAndPrune(): def __init__(self, aoi: AoI, uavs_tours: dict, max_rounds: int, debug: bool = True): self.aoi = aoi self.max_rounds = max_rounds self.debug = debug self.graph = aoi.graph self.nnodes = self.aoi.n_targets self.uavs = list(uavs_tours.keys()) self.nuavs = len(self.uavs) self.uavs_tours = {i: uavs_tours[self.uavs[i]] for i in range(self.nuavs)} self.__check_depots() self.reachable_points = self.__reachable_points() def __pruning(self, mr_solution: MultiRoundSolution) -> MultiRoundSolution: return utility.pruning_multiroundsolution(mr_solution) def solution(self) -> MultiRoundSolution: mrs_builder = MultiRoundSolutionBuilder(self.aoi) for uav in self.uavs: mrs_builder.add_drone(uav) residual_ntours_to_assign = {i : self.max_rounds for i in range(self.nuavs)} tour_to_assign = self.max_rounds * self.nuavs visited_points = set() while not self.greedy_stop_condition(visited_points, tour_to_assign): itd_uav, ind_tour = self.local_optimal_choice(visited_points, residual_ntours_to_assign) residual_ntours_to_assign[itd_uav] -= 1 tour_to_assign -= 1 opt_tour = self.uavs_tours[itd_uav][ind_tour] visited_points |= set(opt_tour.targets_indexes) # update visited points mrs_builder.append_tour(self.uavs[itd_uav], opt_tour) return self.__pruning(mrs_builder.build()) class CumulativeGreedyCoverage(AbstractGreedyAndPrune): choice_dict = {} for ind_uav in range(self.nuavs): uav_residual_rounds = residual_ntours_to_assign[ind_uav] if uav_residual_rounds > 0: uav_tours = self.uavs_tours[ind_uav] for ind_tour in range(len(uav_tours)): tour = uav_tours[ind_tour] quality_tour = self.evaluate_tour(tour, uav_residual_rounds, visited_points) choice_dict[quality_tour] = (ind_uav, ind_tour) best_value = max(choice_dict, key=int) return choice_dict[best_value] def evaluate_tour(self, tour : Tour, round_count : int, visited_points : set): new_points = (set(tour.targets_indexes) - visited_points) return round_count * len(new_points) 如何改写上述程序,使其能返回所有已经探索过的目标点visited_points的数量,请用代码表示

from scipy.sparse.linalg import eigsh, LinearOperator from scipy.sparse import isspmatrix, is_pydata_spmatrix class SVDRecommender: def init(self, k=50, ncv=None, tol=0, which='LM', v0=None, maxiter=None, return_singular_vectors=True, solver='arpack'): self.k = k self.ncv = ncv self.tol = tol self.which = which self.v0 = v0 self.maxiter = maxiter self.return_singular_vectors = return_singular_vectors self.solver = solver def svds(self, A): largest = self.which == 'LM' if not largest and self.which != 'SM': raise ValueError("which must be either 'LM' or 'SM'.") if not (isinstance(A, LinearOperator) or isspmatrix(A) or is_pydata_spmatrix(A)): A = np.asarray(A) n, m = A.shape if self.k <= 0 or self.k >= min(n, m): raise ValueError("k must be between 1 and min(A.shape), k=%d" % self.k) if isinstance(A, LinearOperator): if n > m: X_dot = A.matvec X_matmat = A.matmat XH_dot = A.rmatvec XH_mat = A.rmatmat else: X_dot = A.rmatvec X_matmat = A.rmatmat XH_dot = A.matvec XH_mat = A.matmat dtype = getattr(A, 'dtype', None) if dtype is None: dtype = A.dot(np.zeros([m, 1])).dtype else: if n > m: X_dot = X_matmat = A.dot XH_dot = XH_mat = _herm(A).dot else: XH_dot = XH_mat = A.dot X_dot = X_matmat = _herm(A).dot def matvec_XH_X(x): return XH_dot(X_dot(x)) def matmat_XH_X(x): return XH_mat(X_matmat(x)) XH_X = LinearOperator(matvec=matvec_XH_X, dtype=A.dtype, matmat=matmat_XH_X, shape=(min(A.shape), min(A.shape))) eigvals, eigvec = eigsh(XH_X, k=self.k, tol=self.tol ** 2, maxiter=self.maxiter, ncv=self.ncv, which=self.which, v0=self.v0) eigvals = np.maximum(eigvals.real, 0) t = eigvec.dtype.char.lower() factor = {'f': 1E3, 'd': 1E6} cond = factor[t] * np.finfo(t).eps cutoff = cond * np.max(eigvals) above_cutoff = (eigvals > cutoff) nlarge = above_cutoff.sum() nsmall = self.k - nlarge slarge = np.sqrt(eigvals[above_cutoff]) s = np.zeros_like(eigvals) s[:nlarge] = slarge if not self.return_singular_vectors: return np.sort(s) if n > m: vlarge = eigvec[:, above_cutoff] ularge = X_matmat(vlarge) / slarge if self.return_singular_vectors != 'vh' else None vhlarge = _herm(vlarge) else: ularge = eigvec[:, above_cutoff] vhlarge = _herm(X_matmat(ularge) / slarge) if self.return_singular_vectors != 'u' else None u = _augmented_orthonormal_cols(ularge, nsmall) if ularge is not None else None vh = _augmented_orthonormal_rows(vhlarge, nsmall) if vhlarge is not None else None indexes_sorted = np.argsort(s) s = s[indexes_sorted] if u is not None: u = u[:, indexes_sorted] if vh is not None: vh = vh[indexes_sorted] return u, s, vh def _augmented_orthonormal_cols(U, n): if U.shape[0] <= n: return U Q, R = np.linalg.qr(U) return Q[:, :n] def _augmented_orthonormal_rows(V, n): if V.shape[1] <= n: return V Q, R = np.linalg.qr(V.T) return Q[:, :n].T def _herm(x): return np.conjugate(x.T)这段代码中使用的scipy包太旧了,导致会出现报错信息为:cannot import name 'is_pydata_spmatrix' from 'scipy.sparse' (D:\Anaconda\lib\site-packages\scipy\sparse_init.py),将这段代码修改为使用最新版的scipy包

使用代码import numpy as np import pandas as pd from scipy.stats import pearsonr data = pd.read_csv('os2.csv') gene_pairs = pd.read_csv('os1.csv') gene_pair_names = gene_pairs['基因对名称'].values pearson_coeffs = [] for gene_pair in gene_pair_names: gene1, gene2 = gene_pair.split('_') expression1 = data[gene1].values expression2 = data[gene2].values coeff, _ = pearsonr(expression1, expression2) pearson_coeffs.append(coeff)出现了Traceback (most recent call last): File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 3621, in get_loc return self._engine.get_loc(casted_key) File "pandas/_libs/index.pyx", line 136, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc File "pandas/_libs/index.pyx", line 163, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 5198, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 5206, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item KeyError: 'Os01t0113150' The above exception was the direct cause of the following exception: Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 4, in <module> File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/frame.py", line 3505, in __getitem__ indexer = self.columns.get_loc(key) File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 3623, in get_loc raise KeyError(key) from err KeyError: 'Os01t0113150'的报错是什么原因

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