如何解决> bs <- survivalROC(pred, validation$times, validation$status, method = "average") Error in order(cut.values) : argument 1 is not a vector

时间: 2023-12-06 16:43:27 浏览: 36
这个错误提示是因为`cut.values`参数不是一个向量。`survivalROC`函数的`pred`参数需要是一个向量,`validation$times`和`validation$status`参数需要是数值向量或因子向量。请检查你的输入数据是否正确,并确保`pred`参数是一个向量。如果你仍然无法解决问题,请提供更多的代码和数据,以便我更好地帮助你。
相关问题

bs <- survivalROC(pred, data$times, data$status, plotit = FALSE, method = "average") bs如何得到综合布里尔得分,看结果表的哪个?怎么看,有没有具体案例

在 `survivalROC` 函数的输出结果中,综合布里尔得分对应的是 `Cindex`,也可以称为时间依赖的曲线下面积(time-dependent area under the curve,tAUC)。具体案例可以参考以下代码: ``` r # 导入survivalROC包 library(survivalROC) # 导入survival包 library(survival) # 使用lung数据集 data(lung) # 构建模型 fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data = lung) # 预测概率 pred <- predict(fit, type = "lp") # 计算综合布里尔得分 bs <- survivalROC(pred, lung$time, lung$status, plotit = FALSE, method = "average") # 输出结果 bs ``` 输出结果中的 `Cindex` 就是综合布里尔得分。

逐句解释此代码超详细fit.logit<-glm(class~.,data=df.train,family=binomial()) summary(fit.logit) prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response") logit.pred<- factor(prob > .5,levels = c(FALSE,TRUE),labels=c("benign","malignant")) logit.perf<-table(df.validate$class,logit.pred, dnn=c("Actual","Predicted")) logit.perf

这段代码主要是进行二分类的逻辑回归模型的训练,并使用训练好的模型进行预测,并评估模型的性能。 1. `fit.logit<-glm(class~.,data=df.train,family=binomial())`:这一行代码定义了一个逻辑回归模型,使用`glm()`函数训练,其中`class`是因变量,`~.`表示使用所有的自变量(除了因变量)来训练模型,`data=df.train`表示使用`df.train`数据集进行训练,`family=binomial()`表示使用二项式逻辑回归模型。 2. `summary(fit.logit)`:这一行代码打印训练好的逻辑回归模型的摘要信息,包括模型参数、模型的显著性等等。 3. `prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response")`:这一行代码使用训练好的逻辑回归模型对`df.validate`数据集进行预测,`type="response"`表示预测的是概率值。 4. `logit.pred<- factor(prob > .5,levels = c(FALSE,TRUE),labels=c("benign","malignant"))`:这一行代码将预测的概率值转换为二分类的标签,当预测的概率值大于0.5时,标签为"malignant",否则为"benign"。 5. `logit.perf<-table(df.validate$class,logit.pred, dnn=c("Actual","Predicted"))`:这一行代码计算模型的性能指标,包括混淆矩阵、准确率、召回率等等,其中`df.validate$class`表示实际的标签,`logit.pred`表示预测的标签,`dnn=c("Actual","Predicted")`表示定义混淆矩阵的行列名。最终结果保存在`logit.perf`变量中。
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请在以下R代码基础上:# ①建立50×30的随机数据和30个变量 set.seed(123) X <- matrix(rnorm(50*30), ncol=30) y <- rnorm(50) # ②生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- rnorm(30, mean=1, sd=0.5) beta2 <- rnorm(30, mean=2, sd=0.5) beta3 <- rnorm(30, mean=3, sd=0.5) # 定义一个函数用于计算线性回归的CV值 cv_linear <- function(X, y, k=10, lambda=NULL) { n <- nrow(X) if (is.null(lambda)) { lambda <- seq(0, 1, length.out=100) } mse <- rep(0, length(lambda)) folds <- sample(rep(1:k, length.out=n)) for (i in 1:k) { X_train <- X[folds!=i, ] y_train <- y[folds!=i] X_test <- X[folds==i, ] y_test <- y[folds==i] for (j in 1:length(lambda)) { fit <- glmnet(X_train, y_train, alpha=0, lambda=lambda[j]) y_pred <- predict(fit, newx=X_test) mse[j] <- mse[j] + mean((y_test - y_pred)^2) } } mse <- mse / k return(mse) } # ③(线性回归中)分别计算这三组的CV值 lambda <- seq(0, 1, length.out=100) mse1 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse2 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse3 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) # ④(岭回归中)分别画出这三组的两张图,每组两张图均以lambda为横坐标: library(glmnet) par(mfrow=c(2,3)) # 画Beta1的CV error图 plot(lambda, mse1, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta1 CV error") # 画Beta1的Prediction error图 fit1 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse1)]) y_pred1 <- as.vector(predict(fit1, newx=X)) pred_error1 <- mean((y - y_pred1)^2) lambda <- as.vector(lambda) pred_error1 <- as.vector(pred_error1) if (length(lambda) != length(pred_error1)) { if (length(lambda) > length(pred_error1)) { pred_error1 <- rep(pred_error1, length.out = length(lambda)) } else { lambda <- rep(lambda, length.out = length(pred_error1)) } } plot(lambda, pred_error1, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta1 Prediction error") # 画Beta2的CV error图 plot(lambda, mse2, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta2 CV error") # 画Beta2的Prediction error图 fit2 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse2)]) y_pred2 <- predict(fit2, newx=X) pred_error2 <- mean((y - y_pred2)^2) plot(lambda, pred_error2, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta2 Prediction error") # 画Beta3的CV error图 plot(lambda, mse3, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta3 CV error") # 画Beta3的Prediction error图 fit3 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse3)]) y_pred3 <- predict(fit3, newx=X) pred_error3 <- mean((y - y_pred3)^2) plot(lambda, pred_error3, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta3 Prediction error")。对每组数据绘制纵坐标为Prediction error的图的代码进行修改

“count <- 1 #说明是第几个模型 for (nhidden in 1:3) #一层隐藏层,选用1至3个隐藏单元 { ##考虑使用规则化方法建立多层感知器模型,考虑权衰减常数的四种取值 for (idecay in 1:4) { cdecay <- 0.1^idecay #权衰减常数为0.1的幂,幂的指数为idecay mlp_model <- mlp(x_train,y_train, inputsTest=x_valid,targetsTest=y_valid, maxit=300,size=c(nhidden), learnFunc ="BackpropWeightDecay", learnFuncParams=c(0.1,cdecay,0,0)) #使用mlp函数建立多层感知器模型。 # learnFunc ="BackpropWeightDecay"指定训练方法为带权衰减的向后传播算法。 # learnFuncParams的第一个元素为学习速率,这里指定为0.1;第二个元素为权衰减常数。 pred_prob_train <- mlp_model$fitted.values pred_class_train <- rep(1,length(traindata$Outcome)) pred_class_train[pred_prob_train[,2]>1/6] <- 2 Alltrainfit$nhidden[count] <- nhidden Alltrainfit$cdecay[count] <- cdecay Alltrainfit$totalloss[count] <- 5*length(pred_class_train[traindata$Outcome==1 & pred_class_train==0])+ 1*length(pred_class_train[traindata$Outcome==0 & pred_class_train==1]) pred_prob_valid <- mlp_model$fittedTestValues pred_class_valid <- rep(1,length(validdata$Outcome)) pred_class_valid[pred_prob_valid[,2]>1/6] <- 2 Allvalidfit$nhidden[count] <- nhidden Allvalidfit$cdecay[count] <- cdecay Allvalidfit$totalloss[count] <- 5*length(pred_class_valid[validdata$Outcome==1 & pred_class_valid==0])+ 1*length(pred_class_valid[validdata$Outcome==0 & pred_class_valid==1]) assign(paste("diabetes_MLP",nhidden,"_WD",idecay,sep=""),mlp_model) #将模型记录在指定名称(diabetes_MLP1_WD1等)的对象中。 count <- count+1 } } diabetes_MLP_models <- list(diabetes_MLP1_WD1,diabetes_MLP1_WD2, diabetes_MLP1_WD3,diabetes_MLP1_WD4, diabetes_MLP2_WD1,diabetes_MLP2_WD2, diabetes_MLP2_WD3,diabetes_MLP2_WD4, diabetes_MLP3_WD1,diabetes_MLP3_WD2, diabetes_MLP3_WD3,diabetes_MLP3_WD4) #将12个模型放在列表diabetes_MLP_Models中 diabetes_MLP_models saveRDS(diabetes_MLP_models,"out/diabetes_MLP_models.rds") #将该列表保留在文件中,以后可以用readRDS函数从文件中读取 readRDS("out/diabetes_MLP_models.rds") pre <- predict(diabetes_MLP2_WD4,x_train,type="prob") pre <- predict(diabetes_MLP2_WD4,x_valid,type="prob")”

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