如何解决> bs <- survivalROC(pred, validation$times, validation$status, method = "average") Error in order(cut.values) : argument 1 is not a vector
时间: 2023-12-06 16:43:27 浏览: 36
这个错误提示是因为`cut.values`参数不是一个向量。`survivalROC`函数的`pred`参数需要是一个向量,`validation$times`和`validation$status`参数需要是数值向量或因子向量。请检查你的输入数据是否正确,并确保`pred`参数是一个向量。如果你仍然无法解决问题,请提供更多的代码和数据,以便我更好地帮助你。
相关问题
bs <- survivalROC(pred, data$times, data$status, plotit = FALSE, method = "average") bs如何得到综合布里尔得分,看结果表的哪个?怎么看,有没有具体案例
在 `survivalROC` 函数的输出结果中,综合布里尔得分对应的是 `Cindex`,也可以称为时间依赖的曲线下面积(time-dependent area under the curve,tAUC)。具体案例可以参考以下代码:
``` r
# 导入survivalROC包
library(survivalROC)
# 导入survival包
library(survival)
# 使用lung数据集
data(lung)
# 构建模型
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data = lung)
# 预测概率
pred <- predict(fit, type = "lp")
# 计算综合布里尔得分
bs <- survivalROC(pred, lung$time, lung$status, plotit = FALSE, method = "average")
# 输出结果
bs
```
输出结果中的 `Cindex` 就是综合布里尔得分。
逐句解释此代码超详细fit.logit<-glm(class~.,data=df.train,family=binomial()) summary(fit.logit) prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response") logit.pred<- factor(prob > .5,levels = c(FALSE,TRUE),labels=c("benign","malignant")) logit.perf<-table(df.validate$class,logit.pred, dnn=c("Actual","Predicted")) logit.perf
这段代码主要是进行二分类的逻辑回归模型的训练,并使用训练好的模型进行预测,并评估模型的性能。
1. `fit.logit<-glm(class~.,data=df.train,family=binomial())`:这一行代码定义了一个逻辑回归模型,使用`glm()`函数训练,其中`class`是因变量,`~.`表示使用所有的自变量(除了因变量)来训练模型,`data=df.train`表示使用`df.train`数据集进行训练,`family=binomial()`表示使用二项式逻辑回归模型。
2. `summary(fit.logit)`:这一行代码打印训练好的逻辑回归模型的摘要信息,包括模型参数、模型的显著性等等。
3. `prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response")`:这一行代码使用训练好的逻辑回归模型对`df.validate`数据集进行预测,`type="response"`表示预测的是概率值。
4. `logit.pred<- factor(prob > .5,levels = c(FALSE,TRUE),labels=c("benign","malignant"))`:这一行代码将预测的概率值转换为二分类的标签,当预测的概率值大于0.5时,标签为"malignant",否则为"benign"。
5. `logit.perf<-table(df.validate$class,logit.pred, dnn=c("Actual","Predicted"))`:这一行代码计算模型的性能指标,包括混淆矩阵、准确率、召回率等等,其中`df.validate$class`表示实际的标签,`logit.pred`表示预测的标签,`dnn=c("Actual","Predicted")`表示定义混淆矩阵的行列名。最终结果保存在`logit.perf`变量中。
阅读全文