ModuleNotFoundError: No module named 'tcga.Classification'
时间: 2023-10-13 19:03:56 浏览: 52
这个错误提示是因为找不到名为 'tcga.Classification' 的模块。请确保你已经正确安装了这个模块,并且在使用它之前进行了正确的导入。你可以通过运行以下命令来安装模块:
```
pip install tcga.Classification
```
如果你已经安装了该模块,但仍然遇到问题,请确保你在代码中正确导入了该模块,例如:
```python
import tcga.Classification
```
如果问题仍然存在,请提供更多的上下文信息,以便我能够更好地帮助你解决问题。
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解释这段代码cancer='HNSC' train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv") target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel() indices = train.columns[2:] train=train.iloc[:,2:].T.values
这段代码用于读取和处理与癌症相关的数据。
- `cancer='HNSC'`:将变量`cancer`设置为字符串`'HNSC'`,表示所选的癌症类型为头颈部鳞状细胞癌。
- `train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv")`:使用`pd.read_csv()`函数读取名为`ml_input.csv`的文件,该文件位于路径`dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer`下。读取的数据被存储在名为`train`的DataFrame中。
- `target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel()`:使用`pd.read_csv()`函数读取名为`tab_label.csv`的文件,该文件位于路径`dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer`下。在这里,`index_col=0`表示将第一列作为索引列。读取的数据被存储在名为`target`的一维数组中。
- `indices = train.columns[2:]`:从`train` DataFrame中的列中提取索引,从第三列开始(索引2),并将其存储在名为`indices`的变量中。
- `train=train.iloc[:,2:].T.values`:从`train` DataFrame中选择所有行和从第三列开始的所有列。然后通过`.T`进行转置操作,将数据框转换为NumPy数组,并将结果存储回`train`变量中。
综上所述,这段代码的目的是读取与头颈部鳞状细胞癌相关的训练数据,并对数据进行处理,以便后续使用。
ciber <- CIBERSORT(sig_matrix = "E:/GSVA/CIBERSORT/LM22.txt", + mixture_file = "E:/GSVA/TCGA_SKCM.exp.txt", + perm = 100, + QN = TRUE) Error in write.table(rbind(header, output), saveLocation, sep = "\t", : argument "saveLocation" is missing, with no default
这个错误是因为在你的代码中,`write.table`函数需要一个参数`saveLocation`,但是你没有提供它。你需要指定要将结果写入的文件路径和文件名,例如:
```
write.table(rbind(header, output), "output.txt", sep = "\t")
```
在这个例子中,结果将被写入名为"output.txt"的文件中。你可以根据你的需要更改文件路径和文件名。