无法串联表变量 'Species_num' 和 'Sex',因为这两个变量的类型为 double 和 cell。怎么办
时间: 2023-12-17 18:05:13 浏览: 258
这个错误是因为 'Species_num' 变量的类型是 double,而 'Sex' 变量的类型是 cell,无法将它们连接在一起。要解决这个问题,需要将 'Species_num' 变量转换为 cell 类型,然后再将它们连接在一起。
可以使用 MATLAB 中的 num2cell 函数将 'Species_num' 转换为 cell 类型:
```
Species_num = num2cell(Species_num);
```
然后再将它们连接在一起:
```
Data = [Species_num, Sex];
```
这样就可以避免上述错误了。
相关问题
import os def reorder_gene_tree(gene_tree, species_tree): # 获取物种树的分支顺序 species_order = get_species_order(species_tree) # 根据物种树的分支顺序重排基因树 reordered_tree = [] for species in species_order: for branch in gene_tree: if branch['species'] == species: reordered_tree.append(branch) break return reordered_tree def get_species_order(species_tree): # 在此处实现获取物种树分支顺序的代码逻辑 pass
你需要在 `get_species_order` 函数中实现获取物种树分支顺序的代码逻辑。根据你提供的代码,我无法判断你具体要如何获取物种树分支顺序。请提供更多关于物种树的信息和你的排序逻辑,以便我能够帮助你编写相应的代码。
你可以描述一下你的物种树的结构以及你想要按照什么样的顺序进行排序。这样我就能更好地理解你的需求,并帮助你编写相应的代码。
请帮我修改以下代码。把基因树文件的名字加到diff_counts里面对应的结果处,让基因树名称与对比结果对应起来。library(ape) species_tree <- read.tree("species_tree.treefile") # 定义一个函数来比较树拓扑结构差异 compare_trees <- function(gene_tree_file, species_tree) { gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) diff_count <- comparePhylo(gene_tree, species_tree, force.rooted = TRUE) return(diff_count) } # 定义一个函数来批量比较基因树和物种树的差异 batch_compare_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree) { gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) diff_counts <- numeric(length(gene_tree_files)) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] diff_counts[i] <- compare_trees(gene_tree_file, species_tree) } return(diff_counts) } # 设置基因树文件夹路径 gene_tree_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree" # 替换为你的基因树文件夹路径 # 执行批量比较 diff_counts <- batch_compare_trees(gene_tree_folder, species_tree)
下面是修改后的代码,将基因树文件的名称与对比结果对应起来:
```R
library(ape)
species_tree <- read.tree("species_tree.treefile")
# 定义一个函数来比较树拓扑结构差异
compare_trees <- function(gene_tree_file, species_tree) {
gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
diff_count <- comparePhylo(gene_tree, species_tree, force.rooted = TRUE)
return(diff_count)
}
# 定义一个函数来批量比较基因树和物种树的差异
batch_compare_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree) {
gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)
diff_counts <- numeric(length(gene_tree_files))
gene_tree_names <- character(length(gene_tree_files)) # 添加一个空的字符向量,用于存储基因树的名称
for (i in seq_along(gene_tree_files)) {
gene_tree_file <- gene_tree_files[i]
gene_tree_names[i] <- basename(gene_tree_file) # 获取基因树文件的名称,并存储到对应位置
diff_counts[i] <- compare_trees(gene_tree_file, species_tree)
}
colnames(diff_counts) <- gene_tree_names # 将基因树文件的名称设置为diff_counts的列名
return(diff_counts)
}
# 设置基因树文件夹路径
gene_tree_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree" # 替换为你的基因树文件夹路径
# 执行批量比较
diff_counts <- batch_compare_trees(gene_tree_folder, species_tree)
```
在修改后的代码中,我添加了一个新的字符向量`gene_tree_names`来存储基因树文件的名称。在循环中,我使用`basename()`函数获取基因树文件的名称,并将其存储到`gene_tree_names`的对应位置。然后,我使用`colnames()`函数将基因树文件的名称设置为`diff_counts`的列名,以实现基因树名称与对比结果的对应关系。
请注意,您需要将`gene_tree_folder`替换为您实际的基因树文件夹路径。
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