# 计算每个基因的p-value值 for index, row in gene_data.iterrows(): gene_expression = row[1:] # 获取基因在不同条件下的表达量 condition_1 = gene_expression[:len(condition_columns)//2] condition_2 = gene_expression[len(condition_columns)//2:] _, p_value = ttest_ind(condition_1, condition_2) # 使用 t-test 计算p-value值 gene_data.at[index, 'p_value'] = p_value 这段代码是什么意思,如果我有7个条件应该怎么代码实现#计算每个基因的p-value值
时间: 2024-04-21 11:22:44 浏览: 11
这段代码的作用是计算每个基因的p-value值,并将其存储在基因表格的 'p_value' 列中。
如果您有7个条件,您可以按照以下方式修改代码:
```python
# 计算每个基因的p-value值
for index, row in gene_data.iterrows():
gene_expression = row[1:] # 获取基因在不同条件下的表达量
conditions = [gene_expression[i] for i in range(len(condition_columns))] # 获取所有条件的表达量
_, p_value = ttest_ind(conditions[:len(conditions)//2], conditions[len(conditions)//2:]) # 使用 t-test 计算p-value值
gene_data.at[index, 'p_value'] = p_value
```
在这个修改后的代码中,我们假设有7个条件,您需要将这些条件的表达量保存在一个列表中,然后使用 ttest_ind 函数计算p-value值。您可以使用切片操作符 `[:len(conditions)//2]` 和 `[len(conditions)//2:]` 来分别获取前一半和后一半条件的表达量。
请注意,这只是一个示例代码,您需要根据您的具体数据和需求进行适当的修改和调整。
相关问题
def obtain_Worksheet_Data(self, key_name): # 读取第 2 行第 3 列的单元格内容 cell_value = self.worksheet.cell(row= data_demo.column_data.index(key_name) + 1, column=2).value # 打印单元格内容 return cell_value
这段代码是一个函数`obtain_Worksheet_Data`,它接受一个参数`key_name`,用于指定要读取的单元格位置。
在这个函数中,使用`self.worksheet.cell(row= data_demo.column_data.index(key_name) + 1, column=2).value`来获取指定单元格的内容。
具体解释如下:
- `data_demo.column_data.index(key_name)`用于获取`key_name`在`data_demo.column_data`列表中的索引位置。注意,这里假设`data_demo.column_data`是一个包含列数据的列表。
- `+ 1`是因为行和列的索引是从1开始的,而不是从0开始。
- `self.worksheet.cell(row=..., column=2)`用于获取指定行和列的单元格对象。
- `.value`用于获取单元格的内容。
最后,将获取到的单元格内容作为结果返回。
需要注意的是,这段代码中使用了未定义的变量`data_demo`,你可能需要在函数中定义或传递该变量才能正确运行该代码。
规范代码:读取数据源表格 ori_excel = openpyxl.load_workbook(ori_excel_path) ori_sheet = ori_excel.active rows = ori_sheet.max_row cols = ori_sheet.max_column 加载公式解析器 from transformers import AutoTokenizer tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/CodeGPT-small-py") 遍历每一行 for r in range(2, rows + 1): info = {} # 定义一个字典用来存放数据 mould_excel = openpyxl.load_workbook(mould_excel_path) mould_sheet = mould_excel.active # 遍历每一列 for c in range(1, cols + 1): # 如果标题栏和单元格内有内容 ori_cell_value = ori_sheet.cell(1, c).value cell_value = ori_sheet.cell(r, c).value if ori_cell_value and cell_value: # 获取单元格数据类型和值 data_type = ori_sheet.cell(r, c).data_type value = cell_value # 如果单元格内是函数公式,则运算后写入 if data_type == 'f': # 公式解析 tokens = [str(token.value) if token.type == Token.NUMBER else repr(token.value) for token in tokenizer.parse(value)] # 运算 result = calculate(tokens) # 写入结果 mould_sheet.cell(row=r, column=c).value = result else: # 直接写入值 mould_sheet.cell(row=r, column=c).value = value # 将计算结果写入到模板表格 if data_type == 'f': mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=result) else: mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=value) else: # 如果单元格内不是函数公式,则直接写入 info[ori_cell_value] = cell_value mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=cell_value)
下面是规范化后的代码:
```python
import openpyxl
from transformers import AutoTokenizer
# 读取数据源表格
ori_excel = openpyxl.load_workbook(ori_excel_path)
ori_sheet = ori_excel.active
rows = ori_sheet.max_row
cols = ori_sheet.max_column
# 加载公式解析器
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/CodeGPT-small-py")
# 遍历每一行
for r in range(2, rows + 1):
info = {}
# 定义一个字典用来存放数据
mould_excel = openpyxl.load_workbook(mould_excel_path)
mould_sheet = mould_excel.active
# 遍历每一列
for c in range(1, cols + 1):
# 如果标题栏和单元格内有内容
ori_cell_value = ori_sheet.cell(1, c).value
cell_value = ori_sheet.cell(r, c).value
if ori_cell_value and cell_value:
# 获取单元格数据类型和值
data_type = ori_sheet.cell(r, c).data_type
value = cell_value
# 如果单元格内是函数公式,则运算后写入
if data_type == 'f':
# 公式解析
tokens = [str(token.value) if token.type == Token.NUMBER else repr(token.value) for token in tokenizer.parse(value)]
# 运算
result = calculate(tokens)
# 写入结果
mould_sheet.cell(row=r, column=c).value = result
else:
# 直接写入值
mould_sheet.cell(row=r, column=c).value = value
# 将计算结果写入到模板表格
if data_type == 'f':
mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=result)
else:
mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=value)
else:
# 如果单元格内不是函数公式,则直接写入
info[ori_cell_value] = cell_value
mould_sheet.cell(row=r, column=c, value=cell_value)
```