LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。 并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除segmentation部分无肝脏以及肝脏在图中面积占比小于1.5%的切片,对数据集进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等,以扩充数据集,提高模型的泛化能力。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。
时间: 2024-02-11 09:06:09 浏览: 86
好的,这是一个比较复杂的任务,需要使用一些图像处理库和工具来实现。下面是一些可能有用的步骤,可以帮助你完成这个任务。
1. 首先,你需要安装一些必要的库和工具,如 SimpleITK、numpy、Pillow、opencv-python 等。你可以使用 pip install 命令来安装这些库。
2. 然后,你需要编写一个 Python 脚本来实现图像处理的功能。你可以使用 SimpleITK 库来读取和保存.nii文件,使用 numpy 库来处理图像数据,使用 Pillow 或 opencv-python 库来实现图像的转换和增强操作。
3. 首先,你需要读取原始的.nii文件,并将其转换为 numpy 数组。你可以使用 SimpleITK 库中的 ReadImage 函数来读取.nii文件,并使用 GetArrayFromImage 函数将其转换为 numpy 数组。
4. 然后,你需要将3D图像变成2D、RGB三通道的png格式图像,可以将每个体数据按照轴向分解,再将每个面保存为png格式的三通道图像。你可以使用 Pillow 或 opencv-python 库中的函数来实现图像的转换和保存。
5. 接着,你需要将3D标签变成2D单通道的png格式标签,可以将每个体数据按照轴向分解,再将每个面保存为png格式的单通道标签。你可以使用 Pillow 或 opencv-python 库中的函数来实现图像的转换和保存。
6. 接下来,你需要将图像裁剪为单个肝脏区域,可以使用一些图像分割算法,如阈值分割、区域增长、形态学运算等。你可以使用 opencv-python 库中的函数来实现图像的分割和裁剪。
7. 然后,你需要移除segmentation部分无肝脏以及肝脏在图中面积占比小于1.5%的切片,可以使用一些图像分析算法,如图像统计、区域计算、形态学运算等。你可以使用 opencv-python 库中的函数来实现图像的分析和处理。
8. 最后,你需要对数据集进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等,以扩充数据集,提高模型的泛化能力。你可以使用 opencv-python 库中的函数来实现图像的增强操作。
9. 最后,你需要将转换好的数据保存到指定的文件夹。你可以使用 Pillow 或 opencv-python 库中的函数来实现图像的保存。
下面是一个简单的 Python 代码示例,可以帮助你实现上述步骤:
```python
import os
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
from PIL import Image
import cv2
# 设置原始数据和保存数据的路径
data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017'
save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017'
# 创建保存数据的文件夹
if not os.path.exists(save_path):
os.makedirs(save_path)
# 定义图像裁剪函数
def crop_image(image):
# 使用阈值分割将图像转换为二值图像
ret, thresh = cv2.threshold(image, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY)
# 使用连通区域分析算法找到肝脏区域
contours, hierarchy = cv2.findContours(thresh, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
# 如果没有找到肝脏区域,则返回原始图像
if len(contours) == 0:
return image
# 计算所有连通区域的面积
areas = [cv2.contourArea(cnt) for cnt in contours]
# 找到面积最大的连通区域
max_idx = np.argmax(areas)
max_cnt = contours[max_idx]
# 计算连通区域的外接矩形框
x, y, w, h = cv2.boundingRect(max_cnt)
# 裁剪图像
crop_img = image[y:y + h, x:x + w]
return crop_img
# 定义图像增强函数
def augment_image(image):
# 随机进行图像翻转、旋转和缩放操作
flip_code = np.random.randint(-1, 2)
image = cv2.flip(image, flip_code)
angle = np.random.randint(-10, 11)
M = cv2.getRotationMatrix2D((image.shape[1]/2, image.shape[0]/2), angle, 1)
image = cv2.warpAffine(image, M, (image.shape[1], image.shape[0]))
scale = np.random.uniform(0.8, 1.2)
image = cv2.resize(image, None, fx=scale, fy=scale, interpolation=cv2.INTER_LINEAR)
return image
# 遍历Training Batch 1文件夹,将3D图像转换为2D、RGB三通道的png格式图像
for file in os.listdir(os.path.join(data_path, 'Training Batch 1')):
# 读取3D图像
image = sitk.ReadImage(os.path.join(data_path, 'Training Batch 1', file))
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)
# 将3D图像分解为2D图像,并保存为png格式的三通道图像
for i in range(image_array.shape[0]):
# 裁剪图像
image_slice = crop_image(image_array[i])
# 移除无肝脏的切片
if np.sum(image_slice) == 0:
continue
# 移除肝脏面积小于1.5%的切片
if np.sum(image_slice > 0) / image_slice.size < 0.015:
continue
# 增强图像
image_slice = augment_image(image_slice)
# 将2D图像转换为RGB三通道图像
image_slice = np.stack([image_slice, image_slice, image_slice], axis=-1)
# 保存图像
save_file = os.path.join(save_path, file.split('.')[0] + '_' + str(i) + '.png')
cv2.imwrite(save_file, image_slice)
# 遍历Training Batch 2文件夹,将3D标签转换为2D单通道的png格式标签
for file in os.listdir(os.path.join(data_path, 'Training Batch 2')):
# 读取3D标签
image = sitk.ReadImage(os.path.join(data_path, 'Training Batch 2', file))
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)
# 将3D标签分解为2D标签,并保存为png格式的单通道标签
for i in range(image_array.shape[0]):
# 裁剪标签
image_slice = crop_image(image_array[i])
# 移除无肝脏的切片
if np.sum(image_slice) == 0:
continue
# 移除肝脏面积小于1.5%的切片
if np.sum(image_slice > 0) / image_slice.size < 0.015:
continue
# 保存标签
save_file = os.path.join(save_path, file.split('.')[0] + '_' + str(i) + '_label.png')
cv2.imwrite(save_file, image_slice)
print('数据处理完成!')
```
这段代码会将 Training Batch 1 和 Training Batch 2 文件夹中的图像和标签转换为指定格式,并保存到指定文件夹中。你可以根据需要进行修改和调整。
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