Error in cph(Surv(T, E) ~ original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation + : could not find function "cph"

时间: 2024-03-08 09:47:00 浏览: 251
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CPH3427-TL-E-VB-MOSFET产品应用与参数解析

这个错误通常表示你没有加载名为“rms”的R包或者没有在R中正确地调用“cph”函数。你需要在R中使用以下命令加载rms包并调用cph函数： ``` library(rms) cph(Surv(T, E) ~ original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation + ...) ``` 如果你已经加载了rms包但仍然出现错误，请检查你的R代码是否正确地调用了cph函数，或者尝试重新加载rms包。
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df <- read_excel("C:/Users/Z/Desktop/123.xlsx") dd=datadist(df) options(datadist="dd") options(na.action="na.delete") coxm <- cph(Surv(T,E)~original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation+log.sigma.4.0.mm.3D.firstorder.InterquartileRange+log.sigma.5.0.mm.3D.glszm.SmallAreaEmphasis+wavelet.LLH.firstorder.InterquartileRange+wavelet.LLH.firstorder.Uniformity+wavelet.HHL.firstorder.Mean+wavelet.LLL.glcm.Autocorrelation+wavelet.LLL.glcm.ClusterProminence,x=T,y=T,data=df,surv=T)

coxm <- cph(Surv(T,E)~original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation+log.sigma.4.0.mm.3D.firstorder.InterquartileRange+log.sigma.5.0.mm.3D.glszm.SmallAreaEmphasis+wavelet.LLH.firstorder....

coxm <- cph(Surv(T,E)~original:firstorder:RobustMeanAbsoluteDeviation+log-sigma-4-0-mm-3D:firstorder:InterquartileRange+log-sigma-5-0-mm-3D:glszm:SmallAreaEmphasis+wavelet-LLH:firstorder:InterquartileRange+wavelet-LLH:firstorder:Uniformity+wavelet-HHL:firstorder:Mean+wavelet-LLL:glcm:Autocorrelation+wavelet-LLL:glcm:ClusterProminence,x=T,y=T,data=df,surv=T) > cox.zph(coxm) Error in solve.default(imat, u) : system is computationally singular: reciprocal condition number = 1.06333e-24检查错误

这个错误提示表明在运行 cox.zph() 函数时，出现了计算矩阵的逆矩阵的错误，这通常是由于数据中存在多重共线性的问题导致的。建议您检查变量之间是否存在高度相关性，如果存在，可以考虑删除其中一些变量或者使用...

为什么运行你的代码之后出现Error in eval(predvars, data, callenv) : object 'original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation' not found

coxm <- cph(Surv(T,E)~original.firstorder.RobustMeanAbsoluteDeviation+log.sigma.4.0.mm.3D.firstorder.InterquartileRange+log.sigma.5.0.mm.3D.glszm.SmallAreaEmphasis+wavelet.LLH.firstorder....
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Error in cph(Surv(time, Y) ~ ., X = T, y = T, data = surv, surv = T, n = 17836) : argument 6 matches multiple formal arguments

cph(Surv(time, Y) ~ ., X = T, y = T, data = surv, id = T, maxiter = 17836) 这样就可以避免参数位置混淆的问题。另外，你也可以查看一下 cph() 函数的帮助文档，确保你使用的是正确的参数名和参数位置。

--------- beginning of crash 01-18 13:36:55.631 641 641 F libc : Fatal signal 6 (SIGABRT), code -1 (SI_QUEUE) in tid 641 (init), pid 641 (init) 01-18 13:36:55.653 641 641 F libc : crash_dump helper failed to exec, or was killed 07-13 20:17:19.904 4586 4586 F libc : Fatal signal 6 (SIGABRT), code -1 (SI_QUEUE) in tid 4586 (init), pid 4586 (init) 07-13 20:17:20.109 4586 4586 F libc : crash_dump helper failed to exec, or was killed 07-13 22:44:09.011 19049 19173 F libc : Fatal signal 7 (SIGBUS), code 2 (BUS_ADRERR), fault addr 0x703860a000 in tid 19173 (priority-3), pid 19049 (loros.gallery3d) 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Process name is com.coloros.gallery3d, not key_process 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : keyProcess: 0 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** *** 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Build fingerprint: 'OPPO/CPH2565/OP5745L1:13/TP1A.220905.001/T.R4T2.1171403-23463-3:user/release-keys' 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Revision: '0' 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : ABI: 'arm64' 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Timestamp: 2023-07-13 22:44:17.727514045+0800 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Process uptime: 152s 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : Cmdline: com.coloros.gallery3d 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : pid: 19049, tid: 19173, name: priority-3 >>> com.coloros.gallery3d <<< 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : uid: 10115 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : signal 7 (SIGBUS), code 2 (BUS_ADRERR), fault addr 0x000000703860a000 07-13 22:44:18.663 19978 19978 F DEBUG : x0 0000007010ec7130 x1 0000007038609fd0 x2 0000000000000038 x3 0000000000000020

这是一段崩溃日志，其中包含了多个崩溃事件的信息。根据日志显示，发生了几个不同的崩溃事件。 第一个崩溃事件是发生在init进程中的信号6（SIGABRT），代码-1（SI_QUEUE）。这可能是由于某个严重问题导致init进程...

fcox3 <- cph(Surv(OS.time, OS) ~ RiskGroup + pstage +gender, surv=T,x=T, y=T, time.inc = 36, data=my.cli.3) cal3 <- calibrate(fcox3, cmethod="KM", method="boot", u=36, m=94, B=500)#m，是根据样本量n而定，一般m=n/4或n/5即可 fcox5 <- cph(Surv(OS.time, OS) ~ RiskGroup + pstage +gender, surv=T,x=T, y=T, time.inc = 60, data=my.cli.3) cal5 <- calibrate(fcox5, cmethod="KM", method="boot", u=60, m=94, B=500)# 怎么把cal3,cal5 画在一幅图上

您可以使用 plot() 函数将 cal3 和 cal5 的结果画在同一幅图上，具体步骤如下： 1. 首先，使用 plot() 函数绘制 cal3 的校准曲线，设置 xlim 和 ylim 参数来确定 x 轴和 y 轴的取值范围，同时设置 ...

did not specify surv=t with cph

使用Cox比例风险模型（Cox Proportional Hazard Model，简称CPH），可以估计某个因素（如治疗方法、年龄、性别等）对于特定事件（如死亡、疾病发作等）的风险，但是如果在数据分析中没有指定相应的surv=t（即基准...

R语言运行代码：fit<-cph(Surv(time,death) ~ rcs(BNP,3)+ASA+HB,data=mydata)，出现错误错误于[.default(y, , 3): 下标出界请列出详细的解决该问题的代码

这个R语言错误通常发生在尝试从数据框(mydata)中提取变量值时，由于索引超出范围。rcs()函数用于创建归一化立方 spline ...fit <- cph(Surv(time, death) ~ rcs(BNP_group, 3) + ASA + HB, data = mydata)

print(cph.summary()) TypeError: 'DataFrame' object is not callable

cph.summary()应该是一个属性而不是方法，所以不需要使用括号。以下是修正后的代码： python from lifelines import CoxPHFitter import pandas as pd # 准备数据 data = pd.DataFrame({ 'time': [5, 10, 15...

--------------------------------------------------------------------------- TypeError Traceback (most recent call last) Cell In[4], line 5 2 cph = CoxPHFitter() 4 # 拟合Cox生存模型 ----> 5 cph.fit(data, 'time', event_col='status') File d:\PY\Lib\site-packages\lifelines\utils\__init__.py:56, in CensoringType.right_censoring..f(model, *args, **kwargs) 53 @wraps(function) 54 def f(model, *args, **kwargs): 55 cls.set_censoring_type(model, cls.RIGHT) ---> 56 return function(model, *args, **kwargs) File d:\PY\Lib\site-packages\lifelines\fitters\coxph_fitter.py:290, in CoxPHFitter.fit(self, df, duration_col, event_col, show_progress, initial_point, strata, weights_col, cluster_col, robust, batch_mode, timeline, formula, entry_col, fit_options) 184 """ 185 Fit the Cox proportional hazard model to a right-censored dataset. Alias of fit_right_censoring. 186 (...) 287 288 """ 289 self.strata = utils._to_list_or_singleton(utils.coalesce(strata, self.strata)) --> 290 self._model = self._fit_model( 291 df, 292 duration_col, 293 event_col=event_col, ... -> 1286 described = df.describe(include="all", **describe_kwarg) 1287 if "top" in described.index and "50%" not in described.index: 1288 central_stats = described.loc["top"].copy() TypeError: NDFrame.describe() got an unexpected keyword argument 'datetime_is_numeric' Output is truncated. View as a scrollable element or open in a text editor. Adjust cell output settings... pandas.core.series.Series

cph.fit(data, 'time', event_col='event', show_progress=True) 在这里，我们添加了一个新的参数show_progress=True来显示拟合过程的进度。 如果你仍然遇到问题，请确保你的pandas版本是最新的。你可以尝试...

InvalidArchiveError("Error with archive C:\\Users\\梁帅博\\.conda\\pkgs\\conda-22.11.1-py39haa95532_5\\.cph_tmpjtrjtag9\\info-conda-22.11.1-py39haa95532_5.tar.zst. You probably need to delete and re-download or re-create this file. Message from libarchive was:\n\nFailed to open 'C:\\Users\\梁帅博\\.conda\\pkgs\\conda-22.11.1-py39haa95532_5\\.cph_tmpjtrjtag9\\info-conda-22.11.1-py39haa95532_5.tar.zst'")

这是一个错误信息，看起来是conda软件包管理器在处理某个包的时候出现了问题。建议删除这个包并重新下载或重新创建它。具体的操作方法可能因操作系统和具体情况而异，你可以尝试在命令行中输入 "conda remove ...

InvalidArchiveError("Error with archive C:\\Users\\梁帅博\\.conda\\pkgs\\wheel-0.38.4-py310haa95532_0\\.cph_tmpd3d1jh9_\\info-wheel-0.38.4-py310haa95532_0.tar.zst. You probably need to delete and re-download or re-create this file. Message from libarchive was:\n\nFailed to open 'C:\\Users\\梁帅博\\.conda\\pkgs\\wheel-0.38.4-py310haa95532_0\\.cph_tmpd3d1jh9_\\info-wheel-0.38.4-py310haa95532_0.tar.zst'")解释报错

这个报错是因为在安装或更新wheel包时，下载的info-wheel-0.38.4-py310haa95532_0.tar.zst文件出现了错误，导致解压失败。可能的原因包括网络连接问题、文件损坏等等。 解决方法就是删除C:\\Users\\梁帅博\\....

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