可以生成连续值或者浮点数的指纹方法有哪些,可以举个例吗?有代码可以演示吗?我需要生成的分子指纹是连续值或者浮点数,不需要处理就可以放在数据集中建立XGB模型,可以用代码演示吗
时间: 2024-04-12 17:27:20 浏览: 21
有几种常见的生成连续值或浮点数分子指纹的方法,例如:
1. RDKit中的MACCS指纹:MACCS指纹是一种基于分子的二进制指纹,但可以通过将其转换为稠密向量来生成连续值。以下是使用RDKit生成MACCS指纹的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MACCSkeys
# 生成分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 生成MACCS指纹
fp = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
# 转换为稠密向量
dense_fp = fp.ToBitString()
print(dense_fp)
```
2. RDKit中的Morgan指纹:Morgan指纹是一种基于分子结构的循环指纹。它可以通过设置参数来生成具有不同长度和稠密度的连续值。以下是使用RDKit生成Morgan指纹的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 生成分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 生成Morgan指纹(半径为2,长度为2048)
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2, nBits=2048)
# 转换为稠密向量
dense_fp = fp.ToBitString()
print(dense_fp)
```
这两个示例代码演示了如何使用RDKit库生成连续值的分子指纹。你可以根据需要选择适合你的数据集和模型的分子指纹方法,并使用相应的代码生成特征。请确保在将其放入XGB模型之前进行必要的数据预处理和特征缩放。
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