我有一个dataframe，有两列，分别为gene_hgnc_id和embedding,现在我还有一个一维列表lis，里面的元素为gene_hgnc_id，写一个循环，遍历lis,将lis根据dataframe替换成embedding

可以尝试以下代码：

import pandas as pd

# 假设数据框为df，列表为lis
lis = ['gene1', 'gene2', 'gene3']
df = pd.DataFrame({
    'gene_hgnc_id': ['gene1', 'gene2', 'gene3', 'gene4'],
    'embedding': [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9], [10, 11, 12]]
})

# 遍历lis，并替换成embedding
for i in range(len(lis)):
    gene = lis[i]
    embedding = df.loc[df['gene_hgnc_id'] == gene]['embedding'].values[0]
    lis[i] = embedding

print(lis)

解释一下代码：

首先定义了一个假的数据框df和列表lis，其中每个基因有一个对应的embedding。接着遍历lis，对于每个基因，通过在数据框中找到对应的行，获取其embedding，并将lis对应的元素替换为embedding。最后输出替换后的lis。

需要注意的是，这个方法在lis中存在未在数据框中出现的基因时会报错。如果需要处理这种情况，可以在遍历时加入判断。

相关问题

我有一个dataframe，有两列，分别为gene_hgnc_id和embedding,现在我还有一个一维列表lis，里面的元素为gene_hgnc_id，如何将lis根据dataframe替换成embedding

你可以使用pandas库的merge函数，将两个DataFrame合并，然后根据lis中的gene_hgnc_id筛选embedding列，得到你想要的结果。

具体实现步骤如下：

1. 将lis转换成DataFrame格式

import pandas as pd

lis_df = pd.DataFrame({'gene_hgnc_id': lis})

2. 使用merge函数将两个DataFrame合并

merged_df = pd.merge(df, lis_df, on='gene_hgnc_id', how='inner')

这里的on参数表示根据gene_hgnc_id列进行合并，how参数表示使用内连接方式。

3. 筛选embedding列

result = merged_df['embedding']

最终得到的result就是根据lis替换成的embedding列表。