scale.list <- lapply(norm.list,function(mat){ Seurat:::ScaleData.default(object = mat, features = hvg.features,verbose=FALSE)})

这段代码使用了R语言中的lapply函数，对norm.list中的每一个矩阵进行了标准化处理，标准化函数使用了Seurat包中的ScaleData.default函数，其中object参数传入了当前矩阵，features参数指定了使用哪些基因进行标准化，verbose参数指定了是否输出详细的处理信息。最终该代码返回一个标准化后的矩阵列表scale.list。

相关问题

scale.list <- lapply(norm.list,function(mat)

这行代码是将一个名为`norm.list`的列表中的每个矩阵应用到一个函数中，并将结果存储在新的列表`scale.list`中。函数的作用是对每个矩阵进行归一化处理。`lapply`函数是R语言中的一个迭代器函数，它可以对列表中的每个元素应用同一个函数，并返回一个新的列表，其中每个元素都是应用该函数后的结果。在这里，`lapply`函数将`norm.list`中的每个矩阵作为输入传递给函数，并将结果存储在`scale.list`中。

scale.list <- lapply(1:length(count.list),function(i){ return (scale.list[[i]][na.omit(match(rownames(count.list[[i]]),rownames(scale.list[[i]]))),])})

这段代码是将每个数据框（count.list和scale.list）中的行名进行匹配，然后从scale.list中选出匹配到的行并返回一个新的列表。具体来说，它使用了lapply函数对count.list中的每个数据框进行循环操作，将其行名与scale.list中的匹配并返回匹配到的行，最终得到一个新的列表。其中na.omit(match())的作用是返回在scale.list中存在的行名，因为match()函数会返回缺失值，而na.omit()函数会去除缺失值。