fasta格式文件很大,超出记事本打开范围,怎么将这个文件分成几个小文件使得记事本可以打开,python代码编写
时间: 2024-09-28 17:05:53 浏览: 33
Python库 | fasta2png-1.tar.gz
当你遇到大体积的FASTA格式文件无法用记事本直接打开时,可以使用Python来将其分割成更小的部分。以下是一个简单的脚本示例,它会按照指定的行数将FASTA文件拆分为多个小文件:
```python
def split_fasta(input_file, output_prefix, num_lines_per_split):
with open(input_file, 'r') as in_file, open(output_prefix + '_part1.fasta', 'w') as out_file1, \
open(output_prefix + '_part2.fasta', 'w') as out_file2, # 更改这部分以增加更多的部分文件处理
...:
current_count = 0
for line in in_file:
if line.startswith('>'):
current_count += 1
if current_count == num_lines_per_split:
out_file1.close()
out_file2.close() # 添加更多的out_file*以对应更多部分
current_count = 0
out_file1 = open(output_prefix + f'_part{current_count+1}.fasta', 'w')
else:
out_file1.write(line)
if current_count % num_lines_per_split == 0 and current_count > 0: # 如果快满但不是第一个,也创建新文件
out_file1.close()
out_file2 = open(output_prefix + f'_part{current_count+1}.fasta', 'w')
if current_count > 0: # 处理最后一部分不足num_lines_per_split的剩余行
out_file1.close()
split_fasta('large.fasta', 'split_', 1000) # 把大文件分隔成每1000行一个小文件
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