编写python脚本，读取fasta格式的序列文件，并输出无回车和空行的fasta文件

在Python中，你可以使用内置的`open()`函数配合正则表达式库`re`来读取fasta格式的文件并去掉不必要的换行和空行。下面是一个简单的示例：

import re

def read_fasta(filename):
    with open(filename, 'r') as f:
        seqs = []
        current_seq = ""
        
        for line in f:
            # 忽略注释行
            if not line.startswith(">"):
                # 移除回车符
                line = line.strip()
                
                # 如果开始新的sequence，加入旧的并清空当前seq
                if len(current_seq) > 0:
                    seqs.append(current_seq)
                    current_seq = ""

                # 仅保留DNA或RNA碱基
                current_seq += re.sub(r"[^ACGTacgt]", "", line.upper())
                
            else:
                # 当前行是sequence标签，跳过
                continue
                
        # 添加最后一个sequence，如果有的话
        if len(current_seq) > 0:
            seqs.append(current_seq)

    return seqs

# 使用函数并保存结果到新的fasta文件
clean_seqs = read_fasta("input.fasta")
with open("output.fasta", "w") as out_file:
    for seq in clean_seqs:
        out_file.write(f">{seq.strip()}\n{seq}\n")