请继续完善上述代码
时间: 2024-02-27 20:58:26 浏览: 25
好的,下面我将继续完善上述示例代码,添加异常处理和优化分段长度的功能。
```python
import mysql.connector
# 连接mysql数据库
mydb = mysql.connector.connect(
host="localhost",
user="yourusername",
password="yourpassword",
database="yourdatabase"
)
# 打开fasta文件并读取内容
fasta_file = open("your_fasta_file.fasta", "r")
fasta_content = fasta_file.read()
# 优化分段长度
max_segment_length = 10000
segment_length = min(max_segment_length, len(fasta_content) // 10) # 分段长度为总长度的十分之一,最大为10000
segments = [fasta_content[i:i+segment_length] for i in range(0, len(fasta_content), segment_length)]
# 将每个分段插入mysql数据库中
for i, segment in enumerate(segments):
try:
sql = "INSERT INTO fasta_segments (id, segment) VALUES (%s, %s)"
val = (i+1, segment)
mycursor = mydb.cursor()
mycursor.execute(sql, val)
mydb.commit()
except mysql.connector.Error as err:
print("Something went wrong: {}".format(err))
mydb.rollback()
break
```
在上述代码中,我们添加了一个`max_segment_length`变量,用于限制分段长度的最大值。然后,我们计算出一个合适的分段长度,使得每个分段的大小尽可能接近但不超过`max_segment_length`。最后,我们使用try-except语句处理mysql插入数据时可能出现的异常,如果出现异常则进行回滚操作并退出循环。这样可以在处理大型fasta文件时避免出现意外错误导致程序中断。