Piecewise exponential model set.seed(1) uniq <- with(Data, sort(unique(Time[Death==1]))) a <- c(0, uniq[-length(uniq)] + diff(uniq)/2, max(Data$Time)+1) # Cut points jagsData <- with(Data, list( n = nrow(Data), # Number of subjects J = length(uniq), # Num of gaps between failure times K = length(uniq), # Num of lambda values to estimate t = Time, # Time on study d = Death, # 1 if event (death) observed Z = Group - 1.5, # Group (+0.5 / -0.5) a = a, # Cut points period = 1:length(uniq))) # Maps lambdas to intervals fit <- jags.model('piecewise.jag', data=jagsData, n.chains=4, n.adapt=1000) post <- jags.samples(fit, c('beta', 'lam'), 10000) post1 <- post在给定代码中,fit里的piecewise.jags具体是什么?这里应该有一个model的function。给定数据集包括变量Group,将40个对象分为两组,其中包括生存时间和是否死亡的状态。请把model的R code给我,假定先验中beta是正态分布,lambda是gamma分布
时间: 2023-06-23 14:08:10 浏览: 142
在给定的代码中,'piecewise.jag' 是一个 JAGS (Just Another Gibbs Sampler) 模型文件的名称,它包含了该模型的定义。下面是一个可能的模型文件的代码示例:
```
model {
# Priors
beta ~ dnorm(0, 1e-6)
for (k in 1:K) {
lam[k] ~ dgamma(0.01, 0.01)
}
# Likelihood
for (i in 1:n) {
# Calculate interval index
j <- sum(t[i] > a)
# Calculate hazard
h[i] <- lam[j] * exp(beta * Z[i])
# Likelihood contribution
d[i] ~ dinterval(t[i], a[j], a[j+1])
Y[i] ~ dbern(h[i] * d[i])
}
}
```
该模型的主要思想是将生存时间分段,每个时间段内的风险率(hazard rate)由一个指数分布来描述。具体来说,模型假设每个时间段 $j$ 的风险率 $\lambda_j$ 是一个独立的参数,并且服从 Gamma 先验分布。同时,模型还考虑了个体间的差异,将 Group 变量中的值转化为 $Z_i \in \{-0.5, 0.5\}$,并假设它们以 $\beta$ 为均值、$10^{-6}$ 为方差的正态分布为先验。最后,模型使用 dinterval 和 dbern 分布来描述数据的似然函数。
需要注意的是,该模型文件中的变量名与给定代码中的变量名不完全一致,需要进行相应的调整。
阅读全文