import os yaml_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))), 'data', 'GuanWang.yaml') ini_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath('__file__'))), 'data', 'GuanWang.ini') print(ini_path) class FileRead: def __init__(self): self.yaml_path = yaml_path self.ini_path = ini_path def read_yaml(self): f = open(self.yaml_path, encoding='utf-8')中文代码解释

时间: 2023-05-29 16:03:38 浏览: 79
这段代码的作用是读取一个YAML格式的文件和一个INI格式的文件的路径,并定义一个名为FileRead的类,其中包含读取YAML文件和INI文件的方法。其中,yaml_path和ini_path分别是YAML文件和INI文件的路径。read_yaml()方法打开YAML文件并返回其内容。
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import os yaml_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))), 'data', 'GuanWang.yaml') ini_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath('__file__'))), 'data', 'GuanWang.ini') print(ini_path) class FileRead: def __init__(self): self.yaml_path = yaml_path self.ini_path = ini_path def read_yaml(self): f = open(self.yaml_path, encoding='utf-8')代码解释

1. The code imports the 'os' module. 2. The code sets the 'yaml_path' variable to the path of the 'GuanWang.yaml' file. 3. The code sets the 'ini_path' variable to the path of the 'GuanWang.ini' file. 4. The 'print' statement is used to print the 'ini_path' variable to the console. 5. The 'FileRead' class is defined. 6. The 'self.yaml_path' and 'self.ini_path' instance variables are initialized to the 'yaml_path' and 'ini_path' variables, respectively. 7. The 'read_yaml' method is defined. 8. The 'open' function is used to open the 'yaml_path' file in read mode with the 'utf-8' encoding. 9. The opened file object is returned.

注释这段代码:导入相关的库 import sys import pandas as pd import os import random import shutil import numpy as np import radiomics from radiomics import featureextractor import SimpleITK as sitk kinds = ['HGG','LGG'] #这个是特征处理配置文件,具体可以参考pyradiomics官网 para_path = 'yaml/MR_1mm.yaml' extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor(para_path) dir = 'data/MyData/' for kind in kinds: print("{}:开始提取特征".format(kind)) features_dict = dict() df = pd.DataFrame() path = dir + kind # 使用配置文件初始化特征抽取器 for index, folder in enumerate( os.listdir(path)): for f in os.listdir(os.path.join(path, folder)): if 't1ce' in f: ori_path = os.path.join(path,folder, f) break lab_path = ori_path.replace('t1ce','seg') features = extractor.execute(ori_path,lab_path) #抽取特征 #新增一列用来保存病例文件夹名字 features_dict['index'] = folder for key, value in features.items(): #输出特征 features_dict[key] = value df = df.append(pd.DataFrame.from_dict(features_dict.values()).T,ignore_index=True) print(index) df.columns = features_dict.keys() df.to_csv('csv/' +'{}.csv'.format(kind),index=0) print('Done') print("完成")

这段代码导入了一些Python库,包括`sys`、`pandas`、`os`、`random`、`shutil`、`numpy`、`radiomics`和`SimpleITK`。其中,`radiomics`和`SimpleITK`是医学影像处理相关的库。接下来定义了一个名为`kinds`的列表,其中包含了'HGG'和'LGG'两个字符串。
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详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

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