allangleType = _np.zeros([len(TotAngles[mol]), 2], dtype=int) for i in range(len(TotAngles[mol])): angId_1 = TotAngles[mol][i, 0] angId_2 = TotAngles[mol][i, 1] angId_3 = TotAngles[mol][i, 2] for bdT in range(len(self.BONDtypeIdx[mol])): comp1 = [angId_1, angId_2] == self.BONDtypeIdx[mol][bdT] comp2 = [angId_2, angId_1] == self.BONDtypeIdx[mol][bdT] cmp1 = _np.any(_np.all(comp1, axis=1)) cmp2 = _np.any(_np.all(comp2, axis=1)) if cmp1 or cmp2: allangleType[i, 0] = self.BONDtype[mol][bdT] comp1 = [angId_2, angId_3] == self.BONDtypeIdx[mol][bdT] comp2 = [angId_3, angId_2] == self.BONDtypeIdx[mol][bdT] cmp1 = _np.any(_np.all(comp1, axis=1)) cmp2 = _np.any(_np.all(comp2, axis=1)) if cmp1 or cmp2: allangleType[i, 1] = self.BONDtype[mol][bdT] TotAnglesType[mol] = allangleType
时间: 2023-06-11 12:06:34 浏览: 46
这段代码看起来是用来计算分子中所有化学键角的类型的。它首先创建一个名为allangleType的零矩阵,大小为分子中化学键角的数量×2,数据类型为整数。然后,在使用一个for循环遍历所有的化学键角之后,它会将前两个化学键的类型与allangleType的第一列进行匹配,并将匹配到的结果赋值给allangleType的第一列。然后,它将后两个化学键的类型与allangleType的第二列进行匹配,并将匹配到的结果赋值给allangleType的第二列。最后,它将allangleType保存到一个名为TotAnglesType的字典中,字典的键是分子的索引,值是allangleType矩阵。
相关问题
请逐行解释: if self.ANGLEterm[mol]: m = int(_comb(nAllBond, 2)) allangle = _np.zeros([m, 3], dtype=int) n = 0 for i in range(self.nBEAD[mol]): for j in BONDtree[i]: if j != i: for k in BONDtree[j]: if k != i and k != j: cmp1 = _np.any(_np.all(allBOND == [i, k], axis=1)) cmp2 = _np.any(_np.all(allBOND == [k, i], axis=1)) if not (cmp1 or cmp2): cmp1 = _np.any(_np.all(allangle[0:n] == [i, j, k], axis=1)) cmp2 = _np.any(_np.all(allangle[0:n] == [k, j, i], axis=1)) if not (cmp1 or cmp2): allangle[n, :] = [i, j, k] n += 1 TotAngles[mol] = _np.delete(allangle, range(n, m), axis=0)
这段代码用于计算分子中所有角度的组合。
首先,判断是否存在分子的角度项。如果不存在,则没有必要进行角度计算。
接着,计算分子中所有的键的组合数,并用一个数组allangle来记录每个键的情况,具体操作如下:
- 对每个BEAD(分子中的每个原子)进行循环,对i进行操作;
- 对每个i的邻居(BONDtree[i])进行循环,对j进行操作;
- 对每个j的邻居(BONDtree[j])进行循环,对k进行操作;
- 判断i、j、k所组成的角度是否已经被记录过,如果没有则将其记录在allangle数组中;
- 最后,将所有角度组合的数据allangle存入TotAngles数组,并返回TotAngles数组。
acc = np.zeros(len(radius_range))什么意思
这行代码使用NumPy库创建了一个一维数组`acc`,其长度为`len(radius_range)`,即数组中有`len(radius_range)`个元素。数组中的所有元素都被初始化为0。`len(radius_range)`是`radius_range`列表的长度,这里应该是一个整数。通常,这样的数组用于保存一些数据或进行一些计算。