怎么把np.array的矩阵转化为sp.matrix的矩阵
时间: 2024-02-25 10:54:42 浏览: 23
要将一个 numpy 的 ndarray 转换为 scipy 的 sparse matrix,可以使用 scipy.sparse 库中的 csr_matrix() 函数、csc_matrix() 函数、coo_matrix() 函数等。这些函数能够将 numpy 的 ndarray 转换为对应的稀疏矩阵格式。
例如,将一个 numpy 的二维数组转换为 scipy.sparse 的 CSR 稀疏矩阵,可以使用如下代码:
```python
import numpy as np
from scipy.sparse import csr_matrix
dense_matrix = np.array([[1, 0, 0], [0, 2, 0], [0, 0, 3]])
sparse_matrix = csr_matrix(dense_matrix)
print(sparse_matrix)
```
输出为:
```
(0, 0) 1
(1, 1) 2
(2, 2) 3
```
其中,(i, j) 的值表示稀疏矩阵的第 i 行、第 j 列的元素值。具体来说,(i, j) 的值为 k,则表示稀疏矩阵中第 i 行、第 j 列的元素值为 k。
相关问题
请解释以下代码: data = np.loadtxt('data/{}.txt'.format(dataset)) n, _ = data.shape idx = np.array([i for i in range(n)], dtype=np.int32) idx_map = {j: i for i, j in enumerate(idx)} edges_unordered = np.genfromtxt(path, dtype=np.int32) edges = np.array(list(map(idx_map.get, edges_unordered.flatten())), dtype=np.int32).reshape(edges_unordered.shape) adj = sp.coo_matrix((np.ones(edges.shape[0]), (edges[:, 0], edges[:, 1])), shape=(n, n), dtype=np.float32)
这段代码用于读取一个文本文件,并生成一个稀疏矩阵,表示一个无向图的邻接矩阵。
具体解释如下:
1. `data = np.loadtxt('data/{}.txt'.format(dataset))`:读取文件,文件路径由变量`dataset`指定,将文件中的数据加载到一个 NumPy 数组 `data` 中。
2. `n, _ = data.shape`:获取 `data` 数组的形状,`n` 为数组的行数,表示节点的数量。
3. `idx = np.array([i for i in range(n)], dtype=np.int32)`:生成一个长度为 `n` 的一维数组 `idx`,其中每个元素代表一个节点的编号。
4. `idx_map = {j: i for i, j in enumerate(idx)}`:生成一个字典 `idx_map`,用于将节点编号映射为数组 `data` 中的行索引。
5. `edges_unordered = np.genfromtxt(path, dtype=np.int32)`:从文件中读取边的数据,将数据加载到一个 NumPy 数组 `edges_unordered` 中,每行代表一条边,每列为边的两个端点的节点编号。
6. `edges = np.array(list(map(idx_map.get, edges_unordered.flatten())), dtype=np.int32).reshape(edges_unordered.shape)`:将边的节点编号转换为数组 `data` 中的行索引,生成一个二维数组 `edges`,每行代表一条边,每列为边的两个端点的行索引。
7. `adj = sp.coo_matrix((np.ones(edges.shape[0]), (edges[:, 0], edges[:, 1])), shape=(n, n), dtype=np.float32)`:生成一个稀疏矩阵 `adj`,其中每个元素表示两个节点之间是否有边,如果有边则为 1,否则为 0。这里使用了 SciPy 中的 `coo_matrix` 函数,第一个参数是一个元组,表示每个非零元素的值和对应的行、列索引,第二个参数表示矩阵的形状,第三个参数表示数据类型。
diag = np.array(sumArr.flatten())[0] + 1e-7 # 计算次方,这里是求diag开方的倒数 diag = np.power(diag, -0.5) # 对矩阵进行对角化 D = sp.diags(diag) L = D * A * D # covert norm_adj matrix to tensor L = sp.coo_matrix(L) row = L.row col = L.col i = torch.LongTensor(np.array([row, col])) data = torch.FloatTensor(L.data)是什么意思,解释没一句的意思及其含义
这段代码是用于将一个稀疏对称矩阵A转换为对角线为1的矩阵L。具体解释如下:
1. `sumArr`是一个二维数组,用`flatten()`将其展开成一维数组,再用`np.array()`将其转换为numpy数组;
2. `diag`用于计算对角线元素的值,即将一维数组的每个元素加上一个很小的数(这里是1e-7),然后取其开方的倒数;
3. `D`是一个对角矩阵,其对角线元素为`diag`;
4. `L`是经过对角化后的矩阵,其计算公式为$L=D^{-\frac{1}{2}}AD^{-\frac{1}{2}}$;
5. `sp.coo_matrix()`将稀疏矩阵转换为COO(Coordinate list)格式的稀疏矩阵;
6. `row`和`col`分别是稀疏矩阵L中非零元素的行和列;
7. `i`是一个大小为2xN的LongTensor,其中N是非零元素的个数,`i[0]`和`i[1]`分别对应非零元素的行和列;
8. `data`是一个大小为N的FloatTensor,表示非零元素的值。
最终,`i`和`data`被用于构建一个稀疏张量。