current_seq += list(line.strip())报错
时间: 2024-03-23 17:41:00 浏览: 14
这个错误的原因是 `current_seq` 在代码中被初始化为一个空字符串 `''`,而 `+=` 运算符只能用于连接两个相同类型的数据,所以在尝试连接一个空字符串和列表时会报错。
要解决这个问题,你可以将 `current_seq` 初始化为一个空列表 `[]`,然后将读取到的碱基直接添加到列表中。修改后的代码如下:
```
import csv
# 打开fasta文件
with open('your_fasta_file.fasta', 'r') as f:
# 读取所有行
lines = f.readlines()
# 初始化变量
output = [['id'] + list(range(1, len(lines[1].strip()) + 1))]
current_id = ''
current_seq = []
# 循环遍历所有行
for line in lines:
# 如果是一个新的序列的id行
if line.startswith('>'):
# 如果之前已经读取了一个序列的id和序列
if current_id != '':
# 将当前的id和序列添加到输出列表中
output.append([current_id] + [''.join(current_seq)])
# 重置当前id和序列
current_id = ''
current_seq = []
# 获取新的序列的id
current_id = line.strip()[1:]
# 如果是一个序列行
else:
# 将碱基添加到当前序列中
current_seq += list(line.strip())
# 将最后一个序列添加到输出列表中
output.append([current_id] + [''.join(current_seq)])
# 将输出列表写入到csv文件中
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
writer = csv.writer(f)
writer.writerows(output)
```
这段代码将 `current_seq` 初始化为一个空列表 `[]`,然后将读取到的碱基直接添加到列表中,避免了在使用 `+=` 运算符时出现类型不一致的错误。