第一个碱基和id在一列 需要分开
时间: 2024-03-23 07:41:39 浏览: 13
如果你需要将每个 DNA 序列的 ID 和第一个碱基分开显示,只需要在输出时将它们分别加入到输出列表中即可。以下是修改后的代码:
```
import csv
# 读取FASTA文件
with open('input.fasta', 'r') as f:
lines = f.readlines()
# 初始化变量 output
output = [['id', '1']]
current_id = ''
current_seq = []
# 循环遍历所有行
for line in lines:
# 如果是一个新的序列的id行
if line.startswith('>'):
# 如果之前已经读取了一个序列的id和序列
if current_id != '':
# 将当前的id和序列添加到输出列表中
output.append([current_id, current_seq[0]])
# 重置当前id和序列
current_id = ''
current_seq = []
# 获取新的序列的id
current_id = line.strip()[1:]
# 如果是一个序列行
else:
# 将碱基一个一个地添加到列表中
nucleotides = list(line.strip())
current_seq += nucleotides
# 将最后一个序列添加到输出列表中
output.append([current_id, current_seq[0]])
# 将输出列表写入到csv文件中
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
writer = csv.writer(f, delimiter=',', quoting=csv.QUOTE_NONE)
writer.writerows(output)
```
在输出列表中,我们增加了一列名为 `1` 的列,用于显示每个 DNA 序列的第一个碱基。在循环中,我们将每个 DNA 序列的 ID 和第一个碱基分别添加到输出列表中。在写入 CSV 文件时,输出列表中的每个子列表都会被写入一行。