python中实现Permutation趋势检验的代码每一步进行解释,并告诉我如何输入数据
时间: 2024-05-11 21:16:21 浏览: 97
Permutation趋势检验是一种非参数检验方法,用于检测两个变量之间是否存在趋势性的关系。下面是Python中实现Permutation趋势检验的代码:
```python
import numpy as np
def permute_2d(a, b, nperm):
n, _ = a.shape
permute = np.random.permutation(n)
a = a[permute, :]
b = b[permute, :]
t_orig = np.mean(b, axis=0) - np.mean(a, axis=0)
count = 0
for i in range(nperm):
permute = np.random.permutation(n)
ta = a[permute, :]
tb = b[permute, :]
t_perm = np.mean(tb, axis=0) - np.mean(ta, axis=0)
if t_perm >= t_orig:
count += 1
p = (count + 1) / (nperm + 1)
return p
```
这段代码的输入是两个二维数据矩阵a和b以及一个整数nperm,表示要进行nperm次随机置换。下面是每一步的解释:
1. 随机置换
在进行置换之前,首先要计算两个数据矩阵的差异性。将n个数据点的差异性排列成一个列表,然后进行随机置换。这里用到了NumPy库提供的random.permutation函数来进行随机置换。
2. 计算原始差异性
计算原始的差异性,即将没有经过置换的数据矩阵作为基准,计算出差异性。
3. 进行随机置换并计算差异性
根据上一步置换后的结果,重新计算数据矩阵的差异性,并将差异性与原始差异性进行比较。
4. 计算p值
将符合条件的随机置换的次数与总的置换次数相除,得到p值。
要使用这段代码,需要先将数据矩阵a和b输入进去,以及指定nperm值。例如,可以这样输入:
```python
a = np.random.normal(0, 1, size=(100, 10))
b = np.random.normal(1, 1, size=(100, 10))
nperm = 1000
p = permute_2d(a, b, nperm)
print(p)
```
这里生成了两个大小为100x10的随机数据矩阵a和b,并指定了nperm=1000。然后调用permute_2d函数计算p值,并将结果打印出来。
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