linux环境下文件夹内有n个fasta文件，每个文件序列名有例如>nad7_BJZWY01,>rpl16_ZCY139,>ZCY139等，我想把它们换成>BJZWY01,>ZCY139,>ZCY139，该如何编写命令？

您可以通过以下命令将文件夹内所有fasta文件中的序列名进行替换：

for file in *.fasta; do sed -i 's/>\([a-zA-Z0-9]\+\)_/>/g' "$file"; done

这个命令会遍历文件夹中所有的fasta文件，并对每个文件执行sed命令。sed命令会将每个序列名的前缀（例如"nad7_"）替换为">"，从而得到所需的序列名。

相关问题

linux环境下文件夹内有n个fasta文件，每个文件序列名有例如>BJZWY01 singe_hit,>ZCY137 saaa_dfasa_dssa,>ZCY139等，我想把它们换成>BJZWY01,>ZCY137,>ZCY139，该如何编写命令？

您可以使用sed命令来实现该功能，具体命令如下：

sed -i 's/ .*//g' *.fasta

其中，-i选项表示直接修改文件，s命令表示替换，/ .*//g表示将每个fasta文件中第一个空格及其后面的内容删除，*.fasta表示处理当前文件夹下所有后缀为fasta的文件。

将一个多序列的fasta文件中合并一个>开头的序列

要将一个多序列的fasta文件中合并一个以">"开头的序列，可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，找到fasta文件中以">"开头的目标序列的标题行和序列行。这可以通过查找文件中以">"开头的行来实现。

2. 将目标序列的标题行和序列行提取出来，并保存为一个新的fasta文件。

3. 如果需要合并多个fasta文件中的目标序列，可以重复上述步骤，将每个fasta文件中的目标序列提取出来，并添加到同一个新的fasta文件中。

请注意，合并fasta文件时，需要确保每个序列的标题行以">"开头，并且序列行没有换行符。另外，合并后的fasta文件应该符合fasta格式的规范。

希望这个回答对您有帮助！\[1\]\[2\]
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [一条命令实现fasta序列多行变单行](https://blog.csdn.net/weixin_44022515/article/details/104257520)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *3* [C#，生信软件实践（03）——DNA数据库GenBank格式详解及转为FASTA序列格式的源代码](https://blog.csdn.net/beijinghorn/article/details/130487663)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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