linux环境下文件夹内有n个fasta文件,每个文件序列名有例如>nad7_BJZWY01,>rpl16_ZCY139,>ZCY139等,我想把它们换成>BJZWY01,>ZCY139,>ZCY139,该如何编写命令?
时间: 2024-05-05 10:18:39 浏览: 121
批量对文件夹中的文件序号改名
您可以通过以下命令将文件夹内所有fasta文件中的序列名进行替换:
```
for file in *.fasta; do sed -i 's/>\([a-zA-Z0-9]\+\)_/>/g' "$file"; done
```
这个命令会遍历文件夹中所有的fasta文件,并对每个文件执行sed命令。sed命令会将每个序列名的前缀(例如"nad7_")替换为">",从而得到所需的序列名。
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