num_of_runs =1; run_RRTconnect =1; dim = 3; stepsize = 1; random_world = 0; show_output = 1;
时间: 2023-10-23 21:14:22 浏览: 80
这是一段代码吗?如果是的话,这段代码中定义了一些变量和参数的值。其中,num_of_runs的值为1,run_RRTconnect的值为1,dim的值为3,stepsize的值为1,random_world的值为0,show_output的值为1。具体这些变量和参数在代码中的作用需要看上下文才能确定。
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for sits = 1:stepsize segmentLength = 0.1; if run_RRTconnect == 1 time = 0; avg_its = 0; avg_path = 0; for i = 1:num_of_runs [n_its,path_n,run_time] = RRTconnect_3D(dim,segmentLength,random_world,show_output); time = time + run_time; avg_its = avg_its + n_its; avg_path = avg_path + path_n; end
这段代码中使用了for循环,循环变量为sits,循环次数为stepsize。在循环体内部定义了变量segmentLength的值为0.1,然后判断run_RRTconnect是否等于1,如果是,则定义变量time、avg_its和avg_path的值都为0,接着再使用for循环,循环变量为i,循环次数为num_of_runs。在循环体内部调用了函数RRTconnect_3D,并将返回值分别赋值给变量n_its、path_n和run_time。然后累加变量time、avg_its和avg_path的值。最后,在循环体外部结束了for循环sits,并且此时变量time、avg_its和avg_path的值都是所有循环的累加值。
observed_length = 6 max_homopolymer_runs = 1 gc_bias = 0 undesired_motifs = [] special_filter = dsw.LocalBioFilter(observed_length=observed_length, max_homopolymer_runs=max_homopolymer_runs, gc_range=[0.5-gc_bias, 0.5+gc_bias], undesired_motifs=undesired_motifs) vertices = dsw.find_vertices(observed_length=observed_length, bio_filter=special_filter, verbose=False) _, coding_accessor = dsw.connect_coding_graph(observed_length=observed_length, vertices=vertices, threshold=2, verbose=False) coding_vertices = dsw.obtain_vertices(coding_accessor) start_index = coding_vertices[0] coding_latter_map = dsw.accessor_to_latter_map(coding_accessor) out_degree_counter = collections.Counter([len(x) for x in coding_latter_map.values()]) if need_logs: print('built spider-web, status below:') self.survey_latter_map(coding_latter_map)
在这段代码中,首先定义了一些参数,包括观察长度(observed_length)、最大同源多聚体运行数(max_homopolymer_runs)、GC偏差(gc_bias)和不希望出现的motifs(undesired_motifs)等。
接着,根据这些参数创建了一个特殊的过滤器(special_filter),用于过滤符合条件的序列。
然后,使用该过滤器找到了一些顶点(vertices)。
接下来,使用这些顶点和阈值(threshold)连接了一个编码图(coding_accessor)。
之后,通过编码图获取了编码顶点(coding_vertices)。
再然后,获取了编码顶点中的第一个顶点的索引(start_index)。
接着,将编码图转换为后续映射(coding_latter_map)。
最后,统计了编码图中每个顶点的出度,并打印了一些日志信息(如果需要)。
请注意,以上只是对代码的简要解释,并不包括完整的代码功能和细节。如果您需要更详细的解释或有其他问题,请随时提问。
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