两个数据集取交集基因合并
时间: 2023-09-10 10:06:19 浏览: 146
假设有两个基因数据集A和B,要求取它们的交集并合并成一个数据集C,可以按照以下步骤进行:
1. 读入数据集A和B,并将它们转换为集合形式,即每个基因名只出现一次。
2. 计算A和B的交集,即共同出现的基因名。
3. 根据交集中的基因名,从A和B中分别选出对应的基因数据,将它们合并成新的基因数据集C。
4. 将数据集C保存到文件中或进行后续分析。
下面是一个Python代码示例:
```python
# 读入数据集A和B
with open('dataA.txt', 'r') as f:
genesA = set([line.strip() for line in f])
with open('dataB.txt', 'r') as f:
genesB = set([line.strip() for line in f])
# 计算交集
common_genes = genesA.intersection(genesB)
# 合并基因数据集
genesC = {}
for gene in common_genes:
genesC[gene] = genesA[gene] + genesB[gene]
# 保存数据集C到文件中
with open('dataC.txt', 'w') as f:
for gene, data in genesC.items():
f.write(gene + '\t' + '\t'.join(data) + '\n')
```
其中,假设数据集A和B的基因数据都保存在文本文件中,每行一个基因名和对应的数据,以制表符分隔。假设基因名为第一列,数据为后面的列。在合并数据集C时,将A和B中交集中的基因数据合并起来,可以根据需要进行处理。最后,将数据集C保存到文本文件中,每行一个基因名和对应的数据,以制表符分隔。
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