在R语言中对ergm模型使用M-H采样函数下的mcmc算法进行参数估计,并绘制后验密度图像
时间: 2024-02-03 17:13:36 浏览: 67
要在R语言中对ergm模型使用M-H采样函数下的mcmc算法进行参数估计,可以使用ergm包中的函数MCMC。下面是一个示例代码:
```r
# 加载ergm包
library(ergm)
# 创建一个随机网络
set.seed(123)
g <- as.network(rgraph(100, mode = "graph", tprob = 0.1))
# 定义ERGM模型
my.ergm <- function(x) {
edges <- as.numeric(get.edgelist(x))
ergm(edges ~ edges + nodematch("gender") + mutual,
constraints = ~ edges > 0,
fixed = c(0.2, NA, NA, NA),
control = control.ergm(MCMC.samplesize = 1000))
}
# 运行MCMC算法
mcmc.out <- MCMC(g, my.ergm, method = "MH", MCMC.burnin = 1000, MCMC.interval = 10, MCMC.samplesize = 10000)
# 绘制后验密度图像
plot(mcmc.out, "edges")
```
在这个示例中,我们首先创建了一个包含100个节点和10%概率的随机网络。然后,我们定义了一个ERGM模型,该模型包括边、节点匹配和互惠三个统计量,并使用了一些约束和固定参数。接下来,我们使用MCMC函数运行M-H采样下的MCMC算法,并指定一些参数,例如burn-in期间、采样间隔和样本大小。最后,我们使用plot函数绘制了边的后验密度图像。
需要注意的是,这个示例只是一个演示,实际应用中要根据具体数据和模型进行调整。
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