在4.1.3版本的R语言中建立ergm模型,参照分布项设置为泊松分布,引入关键的包,对模型分别使用MH采样函数以及Gibbs采样函数下的MCMC算法进行参数估计,绘制后验密度图、迭代轨迹图、自相关图像
时间: 2024-02-03 15:15:35 浏览: 177
首先,需要引入`ergm`包以及其他可能需要的包。同时,需要准备好数据,数据应该是一个以边列表的形式存储的网络数据,例如以下示例数据:
```
library(ergm)
data(faux.mesa.high)
```
接下来,可以使用以下代码来建立一个ERGM模型,并设置分布项为泊松分布:
```
model <- ergm(faux.mesa.high ~ edges + mutual + gwesp(0.5),
response = "edges",
engine = "rgeneric",
constraints = "nothree",
control = control.ergm(MCMC.samplesize = 1000, seed = 12345),
dist = "poisson")
```
在上述代码中,`faux.mesa.high`是一个已经加载的网络数据,通过`~`符号后面的内容来设置ERGM模型的结构,`response`参数指定模型的响应变量,`engine`参数指定使用的采样引擎,`constraints`参数指定约束条件,`control`参数用于设置采样控制参数,`dist`参数用于指定分布项。
接下来,可以使用以下代码使用MH采样函数进行MCMC算法的参数估计:
```
sampler <- MHcontrol(c(0.1, 0.1, 0.1), 1000)
fit <- ergm(faux.mesa.high ~ edges + mutual + gwesp(0.5),
response = "edges",
engine = "rgeneric",
constraints = "nothree",
control = control.ergm(MCMC.samplesize = 1000, seed = 12345),
dist = "poisson",
sampler = sampler)
```
在上述代码中,首先通过`MHcontrol`函数设置MH采样函数的参数,然后通过`sampler`参数将其传递给`ergm`函数。接下来,可以使用以下代码绘制后验密度图:
```
plot(fit, which = "all")
```
这将会绘制所有参数的后验密度图。
接下来,可以使用以下代码绘制迭代轨迹图:
```
plot(fit, type = "l")
```
这将会绘制所有参数的迭代轨迹图。
最后,可以使用以下代码绘制自相关图像:
```
plot(fit, type = "acf")
```
这将会绘制所有参数的自相关图像。
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