在R语言中对ergm模型使用MH采样函数利用mcmc算法进行参数估计,并完成模型拟合,绘制后验密度、迭代轨迹、自相关作用图
时间: 2024-02-03 10:13:28 浏览: 157
易处理且一致的随机图模型-研究论文
在R语言中,可以使用ergm包中的函数进行ERGM模型拟合,并使用MCMC算法进行参数估计。其中,Metropolis-Hastings(MH)采样函数可以通过以下方式进行调用:
```R
library(ergm)
data(samplk)
model <- ergm(samplk ~ edges + mutual + gwesp(0.5))
set.seed(123)
fit <- mcmc(model, mcmc = 1000, method = "MH")
```
这里,我们使用了samplk数据集,并定义了一个包含边、互惠和GWESP(0.5)三个统计量的ERGM模型。然后,我们利用mcmc函数对模型进行采样,并指定了采样次数为1000次,采样方法为MH。
接下来,我们可以使用plot函数绘制后验密度、迭代轨迹和自相关图。
```R
# 绘制后验密度图
plot(density(fit), main = "Posterior Density")
# 绘制迭代轨迹
plot(fit, type = "l", main = "Trace Plot")
# 绘制自相关作用图
plot(acf(fit), main = "ACF Plot")
```
以上代码将绘制后验密度图、迭代轨迹和自相关作用图,以帮助我们了解模型的参数估计结果和MCMC采样的收敛情况。
阅读全文