在R语言中对ergm模型利用mcmc算法进行参数估计,此处使用MH采样函数,并绘制参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图
时间: 2024-02-03 20:12:06 浏览: 133
首先,需要加载ergm包和network包:
```R
library(ergm)
library(network)
```
接着,我们需要准备数据。这里我们使用一个随机生成的网络数据:
```R
set.seed(123)
net <- rgraph(100, mode = "erdos.renyi", 0.1)
```
然后,定义一个ergm模型:
```R
model <- ergm(net ~ edges + mutual + gwesp(0.5))
```
接下来,我们使用MH采样函数进行参数估计:
```R
set.seed(1)
samples <- mcmc(model, control = list(MCMC.burnin = 1000, MCMC.samplesize = 5000, MCMC.interval = 10))
```
其中,MCMC.burnin表示燃烧期,MCMC.samplesize表示采样次数,MCMC.interval表示采样间隔。
然后,我们可以绘制参数的后验密度图:
```R
plot(samples, density = TRUE)
```
接着,我们可以绘制迭代轨迹:
```R
plot(samples, type = "l")
```
最后,我们可以绘制自相关作用图:
```R
plot(samples, type = "acf")
```
完整代码:
```R
library(ergm)
library(network)
set.seed(123)
net <- rgraph(100, mode = "erdos.renyi", 0.1)
model <- ergm(net ~ edges + mutual + gwesp(0.5))
set.seed(1)
samples <- mcmc(model, control = list(MCMC.burnin = 1000, MCMC.samplesize = 5000, MCMC.interval = 10))
plot(samples, density = TRUE)
plot(samples, type = "l")
plot(samples, type = "acf")
```
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