class LayerNorm(nn.Module): def __init__(self, normalized_shape, eps=1e-6, data_format="channels_last"): super(LayerNorm, self).__init__() self.weight = nn.Parameter(torch.ones(normalized_shape), requires_grad=True) self.bias = nn.Parameter(torch.zeros(normalized_shape), requires_grad=True) self.eps = eps self.data_format = data_format if self.data_format not in ['channels_last', 'channels_first']: raise ValueError(f"not support data format'{self.data_format}'") self.normalized_shape = (normalized_shape,) def forward(self, x: torch.Tensor) -> torch.Tensor: if self.data_format == 'channels_last': return F.layer_norm(x, self.normalized_shape, self.weight, self.bias, self.eps) elif self.data_format == 'channels_first': # [B,C,H,W] mean = x.mean(1, keepdim=True) var = (x - mean).pow(2).mean(1, keepdim=True) x = (x - mean) / torch.sqrt(var + self.eps) x = self.weight[:, None, None] * x + self.bias[:, None, None] return x

时间: 2024-04-08 09:32:30 浏览: 202
这段代码实现了Layer Normalization(层归一化)的功能。Layer Normalization是一种用于神经网络的归一化方法,可以在训练过程中稳定神经网络的学习。 在代码中,LayerNorm类继承自nn.Module,并实现了初始化方法和前向传播方法。 在初始化方法中,normalized_shape参数指定了归一化的维度大小,eps参数用于防止除零错误,data_format参数用于指定输入数据的格式('channels_last'或'channels_first')。 前向传播方法中,根据输入数据的格式进行不同的处理。当data_format为'channels_last'时,调用了PyTorch中的F.layer_norm函数进行归一化操作。当data_format为'channels_first'时,首先计算输入数据的均值和方差,然后进行归一化操作,并使用参数weight和bias进行缩放和偏移。 最后返回归一化后的结果。
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class ContrastiveHead(nn.Module): """MLP head for contrastive representation learning, https://arxiv.org/abs/2003.04297 Args: dim_in (int): dimension of the feature intended to be contrastively learned feat_dim (int): dim of the feature to calculated contrastive loss Return: feat_normalized (tensor): L-2 normalized encoded feature, so the cross-feature dot-product is cosine similarity (https://arxiv.org/abs/2004.11362) """ def __init__(self, dim_in, feat_dim): super().__init__() self.head = nn.Sequential( nn.Linear(dim_in, dim_in), nn.ReLU(inplace=True), nn.Linear(dim_in, feat_dim), ) for layer in self.head: if isinstance(layer, nn.Linear): weight_init.c2_xavier_fill(layer) def forward(self, x): feat = self.head(x) feat_normalized = F.normalize(feat, dim=1) return feat_normalized

这是一个用于对比学习(contrastive learning)的 MLP 头部(MLP head)模型。在对比学习中,我们需要将输入的特征进行编码,使得相似的样本在编码后的特征空间中距离更近,不相似的样本距离更远。这个 MLP 头部的输入是 dim_in 维度的特征,输出是 feat_dim 维度的编码特征。在 MLP 头部中,我们使用了两个线性层和一个 ReLU 激活函数。在初始化时,我们使用了 Xavier 初始化方法对线性层的权重进行初始化。在前向传播时,我们将输入特征传递给 MLP 头部,得到编码特征,并对编码特征进行 L-2 归一化,使得特征向量的范数为 1,方便后续计算。最后返回编码后的特征。

ln = nn.LayerNorm(2) bn = nn.BatchNorm1d(2) X = torch.tensor([[1, 2], [2, 3]], dtype=torch.float32) # 在训练模式下计算X的均值和方差 print(’layer norm:’, ln(X), ’\nbatch norm:’, bn(X)) layer norm: tensor([[-1.0000, 1.0000], [-1.0000, 1.0000]], grad_fn=<NativeLayerNormBackward0>) batch norm: tensor([[-1.0000, -1.0000], [ 1.0000, 1.0000]], grad_fn=<NativeBatchNormBackward0>) #@save class AddNorm(nn.Module): """残差连接后进行层规范化""" def __init__(self, normalized_shape, dropout, **kwargs): super(AddNorm, self).__init__(**kwargs) self.dropout = nn.Dropout(dropout) self.ln = nn.LayerNorm(normalized_shape) def forward(self, X, Y): return self.ln(self.dropout(Y) + X) 残差连接要求两个输入的形状相同,以便加法操作后输出张量的形状相同。 add_norm = AddNorm([3, 4], 0.5) add_norm.eval() add_norm(torch.ones((2, 3, 4)), torch.ones((2, 3, 4))).shape torch.Size([2, 3, 4])

这段代码展示了如何使用LayerNorm和BatchNorm对输入进行规范化。首先创建了一个LayerNorm实例ln和一个BatchNorm1d实例bn。然后,将一个大小为(2, 2)的浮点型张量X输入到ln和bn中,并打印出规范化后的结果。 ln对输入进行层规范化,计算输入的均值和方差,并对输入进行归一化。结果是一个与输入相同大小的张量,其中每个元素都经过层规范化处理。bn对输入进行批规范化,计算输入的均值和方差,并对输入进行归一化。结果也是一个与输入相同大小的张量,其中每个元素都经过批规范化处理。 接下来定义了一个AddNorm类,用于在残差连接后进行层规范化。它包含一个dropout层和一个LayerNorm层。在前向传播中,将输入X和Y进行残差连接,并通过dropout层和LayerNorm层进行规范化处理。最后,打印出残差连接后输出张量的形状。 在代码的最后,创建了一个AddNorm的实例add_norm,并对其进行了评估(eval())。然后,将两个大小为(2, 3, 4)的张量输入到add_norm中,并打印出输出张量的形状。 结果是一个大小为(2, 3, 4)的张量,表示残差连接后的输出张量的形状与输入张量相同。
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解释这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi) negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval) write.csv(wilcox,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input write.csv(ml_input,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

from PyQt5.QtWidgets import * from PyQt5.QtGui import * from PyQt5.QtCore import * class GraphicsView(QGraphicsView): def init(self, parent=None): super(GraphicsView, self).init(parent) self.setDragMode(QGraphicsView.RubberBandDrag) def mousePressEvent(self, event): if event.button() == Qt.LeftButton: self.origin = event.pos() self.rubberBand = QRubberBand(QRubberBand.Rectangle, self) self.rubberBand.setGeometry(QRect(self.origin, QSize())) self.rubberBand.setStyleSheet("background-color: rgba(255, 0, 0, 50);") self.rubberBand.show() super(GraphicsView, self).mousePressEvent(event) def mouseMoveEvent(self, event): if self.rubberBand.isVisible(): self.rubberBand.setGeometry(QRect(self.origin, event.pos()).normalized()) super(GraphicsView, self).mouseMoveEvent(event) def mouseReleaseEvent(self, event): if event.button() == Qt.LeftButton: self.rubberBand.hide() rect = self.viewport().rect().intersected(self.rubberBand.geometry()) rect_mapped = self.mapToScene(rect).boundingRect() print(rect_mapped) super(GraphicsView, self).mouseReleaseEvent(event) class MainWindow(QMainWindow): def init(self): super().init() self.graphics_view = GraphicsView(self) self.scene = QGraphicsScene(self.graphics_view) self.graphics_view.setScene(self.scene) self.image = QImage("E:/123.bmp") self.pixmap = QPixmap.fromImage(self.image) self.scene.addPixmap(self.pixmap) self.setCentralWidget(self.graphics_view) if name == 'main': import sys app = QApplication(sys.argv) window = MainWindow() window.setGeometry(500, 200, 800, 600) window.show() sys.exit(app.exec_()) 在这个代码上,增加滑动滚轮可根据鼠标位置进行放大缩小

import pandas as pd import tkinter as tk from tkinter import filedialog from sklearn.preprocessing import StandardScaler # 定义全局变量 file_path = "" def import_csv_data(): global file_path file_path = filedialog.askopenfilename() # 读取CSV文件并显示在Text控件上 data = pd.read_csv(file_path) # 获取前5行数据 top_5 = data.head() # 将前5行数据插入到Text控件 txt_data.insert(tk.END, top_5) # 处理缺失值 def handle_missing_values(): global file_path # 修改2:使用全局变量 # 读取CSV文件 data = pd.read_csv(file_path) # 处理缺失值 data.fillna(0, inplace=True) # 显示前10行数据 text_output.insert(tk.END, "处理缺失值成功,前10行数据如下:\n") text_output.insert(tk.END, str(data.head(10))) # 标准化数值型数据 def normalize_numeric_data(): global file_path # 读取CSV文件 data = pd.read_csv(file_path) # 提取数值型数据 numeric_data = data.select_dtypes(include=['float64', 'int64']) # 标准化数据 scaler = StandardScaler() normalized_data = scaler.fit_transform(numeric_data) # 将处理后的数据写回原数据框 data.loc[:, numeric_data.columns] = normalized_data # 显示前10行数据 text_output.insert(tk.END, "标准化数值型数据成功,前10行数据如下:\n") text_output.insert(tk.END, str(data.head(10))) 这段代码后的def encode_categorical_data(): # 读取CSV文件 data = pd.read_csv("file.csv") # 提取类别型数据 categorical_data = data.select_dtypes(include=['object']) # 编码数据 encoder = LabelEncoder() encoded_data = categorical_data.apply(encoder.fit_transform) # 将处理后的数据写回原数据框 data.loc[:, categorical_data.columns] = encoded_data # 显示前10行数据 text_output.insert(tk.END, "编码类别型数据成功,前10行数据如下:\n") text_output.insert(tk.END, str(data.head(10)))这段代码怎么改能跑通

请解释一下这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi)#"自定义cal_delta_pcc"函数计算正样本和负样本的delta值,并把数据装入positive_delta中 negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval)#自定义delta_wilcox_test函数计算结果 write.csv(wilcox,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"_",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"_",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[,3:ncol(negative_delta)] ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input[,-1] write.csv(ml_input,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

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