“DrugBank (www.drugbank.ca)是一个网络数据库,包含有关药物、药物机制、药物相互作用和药物靶点的全面分子信息。DrugBank于2006年首次被描述,在过去的12年里,随着网络标准的显著改进和药物研发需求的变化,它不断发展。今年的药物银行5.0版本是该数据库10多年来最重大的升级。在许多情况下,现有数据内容比上次更新增长了100%或更多。例如,数据库中研究药物的总数增长了近300%,药物-药物相互作用的数量增长了近600%,snp相关药物效应的数量增长了300%以上。在药物适应症、药物结合数据以及药物-药物和药物-食品相互作用的数量、质量和一致性方面取得了重大进展。DrugBank 5.0还添加了大量全新的数据。这包括数百种药物对代谢物水平(药物代谢组学)、基因表达水平(药物转录组学)和蛋白质表达水平(药物原生学)的影响信息。还增加了数百项新药临床试验和现有药物再利用试验的新数据。在DrugBank网站的内容、界面和性能方面进行了许多其他重要的改进,这些改进将大大提高其易用性、实用性和在许多药理学研究、药学科学和药物教育领域的潜在应用”怎么表述比较好
时间: 2024-03-24 17:38:27 浏览: 212
DrugBank是一个网络数据库,提供了关于药物、药物机制、药物相互作用和药物靶点的全面分子信息。数据库于2006年首次被描述,并在过去的12年里不断发展。最新的药物银行5.0版本是该数据库10多年来最重大的升级,现有数据内容比上次更新增长了100%或更多。其中,研究药物的总数增长了近300%,药物-药物相互作用的数量增长了近600%,snp相关药物效应的数量增长了300%以上。此外,数据库在药物适应症、药物结合数据以及药物-药物和药物-食品相互作用的数量、质量和一致性方面也取得了重大进展。药物银行5.0还添加了数百种药物对代谢物水平、基因表达水平和蛋白质表达水平的影响信息,以及数百项新药临床试验和现有药物再利用试验的新数据。此次更新还对DrugBank网站的内容、界面和性能方面进行了许多改进,大大提高了其易用性、实用性和在许多药理学研究、药学科学和药物教育领域的潜在应用。
相关问题
用 Python 语言, Pandas 和 Numpy 等数据处理模块提取 DrugBank 不同版本数据库中的小分子药物数据
这个问题已经在之前回答过,以下是示例代码:
```python
import xml.etree.ElementTree as ET
import pandas as pd
import numpy as np
# 解析 XML 文件
tree = ET.parse('drugbank.xml')
root = tree.getroot()
# 提取小分子药物数据
drug_list = []
for drug in root.findall('{http://www.drugbank.ca}drug'):
drug_id = drug.find('{http://www.drugbank.ca}drugbank-id').text
drug_name = drug.find('{http://www.drugbank.ca}name').text
drug_type = drug.find('{http://www.drugbank.ca}groups').find('{http://www.drugbank.ca}group').text
drug_smiles = drug.find('{http://www.drugbank.ca}calculated-properties').find('{http://www.drugbank.ca}property'[@kind="SMILES"]).text
# 将数据存储到列表中
drug_list.append([drug_id, drug_name, drug_type, drug_smiles])
# 将列表转换为 Pandas DataFrame
drug_df = pd.DataFrame(drug_list, columns=['DrugBank ID', 'Drug Name', 'Drug Type', 'SMILES'])
# 对数据进行清洗和分析
...
```
需要注意的是,提取 DrugBank 数据库中的数据需要先从其官网上下载 XML 文件,然后解析 XML 文件来提取数据。另外,在提取数据后,还需要根据具体需求对数据进行清洗和分析。
爬虫drugbank
你可以使用Python编写一个爬虫来获取DrugBank网站的数据。以下是一个简单的示例代码,使用了Requests库和BeautifulSoup库来进行网页请求和解析:
```python
import requests
from bs4 import BeautifulSoup
# 设置请求头部,模拟浏览器访问
headers = {
'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/58.0.3029.110 Safari/537.3'
}
# 发送GET请求获取网页内容
response = requests.get('https://go.drugbank.com/drugs', headers=headers)
# 使用BeautifulSoup解析网页内容
soup = BeautifulSoup(response.text, 'html.parser')
# 找到所有药物链接
drug_links = soup.find_all('a', class_='name-link')
# 打印药物名称和链接
for link in drug_links:
drug_name = link.text.strip()
drug_url = 'https://go.drugbank.com' + link['href']
print(drug_name, drug_url)
```
这段代码会获取DrugBank网站上所有药物的名称和链接。你可以根据自己的需求修改代码,提取其他的药物信息。注意,爬取网站数据时请遵守网站的使用规则和政策。
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