Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so, 0x0006): Library not loaded: '/opt/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin20.0/12.2.0/libgfortran.5.dylib' Referenced from: '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/impute/libs/impute.so' Reason: tried: '/opt/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin20.0/12.2.0/libgfortran.5.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libgfortran.5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libgfortran.5.dylib' (no such file)

这个错误是由于 `impute` 包无法加载其所依赖的 `libgfortran` 库文件导致的。你可以尝试重新安装 `impute` 包以解决此问题。或者，你也可以尝试在终端中使用以下命令来安装 `libgfortran` 库文件：

brew install gcc

然后，再次尝试加载 `impute` 包，看看是否仍然出现相同的错误。

相关问题

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/sxa/anaconda3/envs/renv/lib/R/library/stringi/libs/stringi.so': libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory Calls: <Anonymous> ... n

抱歉，我是一个基于CSDN开发的AI助手，我无法提供实际的运行环境和相关支持。根据您提供的信息，看起来您在加载一个名为stringi.so的共享对象时遇到了问题。问题可能是由于缺少名为libicui18n.so.58的共享对象文件导致的。您可以尝试检查文件路径是否正确，并确保所需的依赖项已正确安装。如果问题仍然存在，建议您在相关的技术论坛或社区上寻求进一步的帮助。

mol_ini = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/POSCAR") mol_opt = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/CONTCAR") mol_refined, chemenv = refine(mol_ini, submols) # 使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)

这段代码涉及到了分子结构的读取、化学环境的提取和进一步优化，以及使用 ASE 完成晶胞及原子结构的进一步优化。

首先，使用 `Molecule.from_file()` 方法读取分子结构文件，`"Fe32C9/60_1/POSCAR"` 是分子结构文件的路径，`mol_ini` 是原始分子结构。

然后，使用 `refine()` 方法对分子结构进行优化，其中 `submols` 是一个子分子列表，用于指定分子中的子结构。`mol_refined` 是优化后的分子结构，`chemenv` 则是化学环境对象，包含原子类型和键长等信息。

接下来，使用 `mol_ini.clone()` 方法创建原始分子结构的副本 `mol`，并将其转换为 ASE 的 atoms 对象 `p1`，以便进行弹性力学计算。

`ElasticModel(mol, chemenv)` 创建了一个弹性模型，其中 `mol` 是分子结构，`chemenv` 是一个化学环境对象，用于指定原子类型和键长等信息。

`p1.set_calculator(calc_elastic)` 将弹性模型 `calc_elastic` 绑定到 `p1` 上，以便进行能量最小化计算。

`Mushybox(p1)` 对 `p1` 进行周期性边界条件处理，以便在计算中考虑体系的周期性。

`FIRE(box, maxstep=0.1)` 创建了一个 FIRE 算法对象 `dyn`，其中 `box` 是考虑周期性边界条件的 atoms 对象，`maxstep` 是最大步长。

`dyn.run(fmax=0.001, steps=100)` 运行 FIRE 算法进行能量最小化，`fmax` 是力的最大值，`steps` 是最大步数。