报错new_id = new_ids.pop(0) IndexError: pop from empty list
时间: 2024-03-14 14:45:24 浏览: 19
这个错误提示说明new_ids这个列表为空,而你的代码又尝试从它的开头取出一个元素,所以导致了IndexError异常。这可能是因为id_file文件为空或者文件中的行数少于fasta_file中的序列数。
为了避免这个错误,你可以在读取完id_file文件之后,先检查一下new_ids列表的长度,如果是0,则立即退出循环。修改后的代码如下所示:
```python
import sys
def replace_fasta_ids(fasta_file, id_file):
# 读取新id列表
with open(id_file, 'r') as f:
new_ids = [line.strip() for line in f]
# 替换fasta文件中的id
new_fasta = ''
with open(fasta_file, 'r') as f:
for line in f:
if line.startswith('>'):
# 获取旧id
old_id = line.strip()
if len(new_ids) == 0: # 检查new_ids列表是否为空
break
# 获取新id
new_id = new_ids.pop(0)
# 替换id
new_fasta += '>' + new_id + '\n'
else:
# 添加序列信息
new_fasta += line
# 将替换后的fasta写入文件
with open('new.fasta', 'w') as f:
f.write(new_fasta)
return new_fasta
if __name__ == '__main__':
if len(sys.argv) != 3:
print('Usage: python script.py fasta_file id_file')
sys.exit(1)
fasta_file = sys.argv[1]
id_file = sys.argv[2]
try:
replace_fasta_ids(fasta_file, id_file)
except Exception as e:
print('Error:', e)
sys.exit(1)
```
这样修改之后,如果new_ids列表为空,程序会立即退出循环,不会再尝试取出元素,就不会出现IndexError异常了。