编写一个perl脚本,要求如下:1.批量提取fasta文件中每行ID的‘>’和第1个‘_’之间的英文单词作为第一列,将第1个‘_’和第2个‘_’之间的字符串作为第二列。2.循环文件夹每个fasta文件。3.最终将每个fasta的循环结果输出合并为txt文本格式。
时间: 2024-02-01 20:15:39 浏览: 67
以下是一个实现上述要求的 Perl 脚本示例:
```perl
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
# 输入和输出文件夹路径
my $input_dir = "./input_dir";
my $output_file = "./output.txt";
# 打开输出文件句柄
open my $out_fh, ">", $output_file or die "Cannot open $output_file: $!";
# 获取输入文件夹中所有 fasta 文件
opendir my $input_dh, $input_dir or die "Cannot open directory $input_dir: $!";
my @fasta_files = grep { /\.fasta$/ } readdir $input_dh;
closedir $input_dh;
# 循环处理每个 fasta 文件
foreach my $fasta_file (@fasta_files) {
my $fasta_path = "$input_dir/$fasta_file";
# 打开当前 fasta 文件句柄
open my $fasta_fh, "<", $fasta_path or die "Cannot open $fasta_path: $!";
my $header = "";
while (my $line = <$fasta_fh>) {
chomp $line;
if ($line =~ /^>/) {
# 提取第1个 '_' 之前和之间的字符串
my ($id, $type) = $line =~ /^>(\w+)_(\w+)_/;
print $out_fh "$id\t$type\n";
}
}
# 关闭当前 fasta 文件句柄
close $fasta_fh;
}
# 关闭输出文件句柄
close $out_fh;
print "Done.\n";
```
该脚本假设输入的 fasta 文件都以 `.fasta` 扩展名结尾,并且输出的文本格式为 tab 分隔的两列,第一列为 ID,第二列为类型。你需要根据实际情况来修改输入和输出路径,以及文本格式。
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